1、檢查出庫單是否與銷售收入相配比？尤其註意庫管員、驗收員、會計、統計等的簽字，如有塗改變動或筆體異常，出庫單號碼連續，則會作進壹步追查，很多企業為了減少知情範圍,可能由專人作弊；
2、檢查邊腳料的帳務處理，邊腳料、包裝物等的處理收入是否入帳？是否截留了其他業務收入？
3、檢查貨物的銷售價格是否忽高忽低？尤其是低於成本的銷售，壹般都有問題；
4、檢查所有存貨，包括成品與材料，看是否帳實相符？短少的物資，壹般都有銷售未入帳的可能；
5、檢查產品的出品率變化，檢查廢品的生產、驗收、銷毀記錄，檢查產品數量與生產工人計件工資的關系，是否配比合理？很多企業將產品直接從生產線上取走銷售或贈送，而截留收入；
6、 重點檢查往來帳，對掛往來超過半年的要與對方單位核實，尤其要註意貸方往來，同時註意費用中顯示的對方單位，是否有對外往來大額借款？是否收取利息？利息是否合理？是否入帳？
7、 檢查會計期末是否進行了資產清查？盤贏物資是否計入了收入？盤虧物資是否是正常管理盤虧？是否存在盤虧與盤盈互相抵消的問題？物資盤存表上是否有相關人員簽字？原始盤點表與物資盤存表是否相符等？
8、檢查對外進行來料加工節省下來的材料或邊腳料是否計入了收入？
9、檢查減免的流轉稅是否計入了應納稅所得額？
10、檢查企業接受的捐贈，是否已作為收入納稅？
11、 檢查企業研發新產品產生的產品和廢品是否有記錄以及產品和廢品的去向，是否按質做價？收入是否納稅？
另壹方面是對扣除項目的檢查：
1、稅法規定，企業在納稅年度的當年應該計入費用而沒有計入的，不得在以後年度抵扣，因此，要重點檢查企業的長期待攤費用、預提費用、折舊費用以及其他的調整分錄，凡是涉及到紅字調整的，都要重點檢查；
2、檢查企業食堂等福利部門，其房屋折舊、人員工資、耗用水電、辦公用品及低耗、福利待遇、維修費、使用車輛費用等壹切開支，是否計入了成本？
3、檢查企業耗用的費用物資，是否已通過了倉庫核算？消耗材料和物資是否合理？如辦公用品要與辦公用品領用臺帳相核對，低耗要與實物相核對，是否存在私人使用企業資產情況等？
4、檢查物資使用者是否都是本企業員工？否則視同捐贈？
5、檢查企業的工資支出是否是企業的在冊員工？是否在勞動部門登記？是否已經給員工辦理了社會保險？醫務、浴室、理發室、食堂、待崗、下崗等後勤人員的工資是否進行了剔除？有否超過計稅工資？
6、檢查工資附加費用是否按照計稅工資總額提取？工會經費是否全額撥付並取得“工會經費撥繳專用收據”？檢查對外捐贈是否合法？
7、檢查業務招待費的發生額是否與其生產經營業務直接相關？是否超出了限額？招待無關人員或者純粹內部人員的吃喝費用是否扣除，不能按照稅務人員要求提供真實的足夠的有效憑證和資料的,也不得扣除；
8、檢查財產保險和車輛保險的無賠款優待退款，是否沖減了費用，納入了所得額？如果未發現沖減支出和保險賠款，應進壹步調查保險公司的財務帳冊。
9、檢查稅前應報批的扣除項目是否擅自扣除？彌補以前年度虧損是否報稅務機關備案？
有壹本書名為《納稅檢查》的，稅務人員都會學習的，裏面講得很詳細。