稽查工作分選案、檢查、審理、執行四個環節進行 國稅機關根據公民舉報，部門轉辦，互有交辦，情報交換或通過微機網絡分析篩選有嫌疑的，征管分局移交的嫌疑對象進行計算機或人工排列後列出稽查重點戶。
國稅舉報中心設在稽查局，受理公民、法人及其他社會組織對涉稅案件的舉報，並填寫《舉報案件摘要表》，有權根據《舉報案件摘要表》直接填寫《稽查人員下戶檢查批準書》，經審批後實施稽查。 稅務稽查的檢查工作，是根據選案所確定的稽查對象，組織稽查人員寮施檢查，采取必要的方法、措施和手段，收集案件的證人、證言，原始書證材料，整理制作《稅務稽查報告》直接將案件移送審理的活動過程。
1.檢查前的事項
稅務稽查人員在實施稽查之前，除下列三種情況之外，應當提前以書面形式向被查對象下達《稅務稽查通知書》，並要求收件人填寫《稅務文書送達回證》取回存檔。
(1)公民舉報有稅收違法行為的;
(2)稽查機關有根據認為納稅人有稅收違法行為的;
(3)預先通知有事礙稽查的;
2.回避制度
稽查人員與被查對象有下列關系之壹的，應當回避，被查對象也有權要求他們回避。
(1)稽查人員與被查當事人有近親屬關系的;
(2)稽查人員與被查對象有利害關系的;
(3)稽查人員與被查對象有其他關系可能影響公正執法的。
3.詢問
根據《稅收征管法》第三十二條規定，稅務機關在實施稅務稽查時，有權“詢問納稅人，扣繳義務人納稅或代扣代繳代收代繳稅款有關的總是和情況”。也可以對當事人、見證人或其他有關知情人，了解相關情況。
詢問的基本要求：
(1)詢問當事人，必須有兩人以上參加，並出示稅務檢查證件。
(2)詢問當事人時，應有專人記錄、制作《稅務稽查詢問筆錄》，並告知當事人不如實提供情況應承擔的法律責任。
4.查帳
(1)稅務機關依據國家稅收法律、法規和財會制度規定，有權對納稅人、扣繳義務人的帳簿、記帳憑證、報表等有關資料進行審查。
根據《中華人民***和國發票管理辦法》第三十壹條規定，稅務機關在發票稽查中可以采取下列方法進行檢查：
a、檢查印制、領購、開具、取得和保管發票的情況;
b、調出發票檢驗;
c、查閱、復制與發票有關的憑證、資料;
d、向當事各方詢問與發票有關的問題和情況;
e、在查處發票案件時，對與案件有關的情況和資料，可以記錄、錄音、錄像、照相和復制。
(2)稅務機關檢查納稅人、扣繳義務人的帳簿、記帳憑證、報表、發票和其他納稅資料時，可采取調取帳簿資料和實地檢查兩種方法。
a、調取帳戶及有關資料。根據稅收征管法實施細則第五十二條規定，稅務稽查可以采取通知被查對象將其帳簿、憑證、報表等 關資料，按規定時間送交稅務機關實施稽查。
b、實地稽查。稅務稽查人員根據稅務稽查計劃，可以到納稅人、扣繳義務人的生產、經營所在地和貨物存放地實施稅務稽查。
稅務稽查部門的稽查人員在實施實地稽查前必須按制度規定向部門領導例行報告，並填制《稅務檢查人員下戶檢查批準書》，經批準後實施。否則，納稅人可拒絕檢查。
5.證人
稅務稽查中需要證人作證的，證人應如實提供情況，否則應承擔的法律責任。證人的證言資料由證人用鋼筆或毛筆書寫，並由本人簽章或者押印;證人沒有書寫能力的可請人代寫，由代寫人向本人宣讀並由本人和代寫人***同簽章或者押印;更改證言的，應當說明更改的原因，但不退還原件。收集證言時，可以筆錄、錄音、錄像。
6.取證
調查取證索取與案件有關的資料原件的，用統壹的換票證換取發票原件或用收據提取有關資料;不能取得原件的，可以照相、影印和復制，但必須註明原件的保存單位(個人)和出處，由原件保存單位和個人簽註“與原件核對無誤”字樣，並由其簽章或者押印。
稅務機關在實施稽查過程中，可以讓納稅人、扣繳義務人或證人用書面的形式提供情況，以取得書面證言。稅務機關在帳外調查中為取得證據原件應當向當事人開肯《提取證據專用收據》，並設置《證件復制(提取)單》。
取證過程中，不得對當事人和證人引供、誘供和逼供;必要時對證據可進行專門技術鑒定。任何人不得塗改或毀棄證明原件、詢問筆錄以及其他證據。
7.稅收保全措施
稽查中依法需暫停支付被查對象存款的，應當填寫《暫停支付存款通知書》，通知銀行或者其他金融機構暫停支付納稅人相當於稅款的存款;依法需查封被查對象商品、貨物或其他財產的，驗明所有權後應當填寫《查封(扣押)證》，並附《查封商品、貨物、財產清單》，查封時，應當粘貼統壹封誌，註明公歷年、月、日，加蓋公單;依法需扣押的，應當填寫《查封(扣押)證》，並開肯《扣押商品、貨物、財產專用收據》。
稅務稽查中發現欠繳稅款的納稅人需要出境的，應當在出境向稅務機關結清慶交納的稅款或者提供擔保，未結清稅款、又不提供擔保的，稅務機關根據國家稅務總局(國稅發[1997]216)通知規定，辦理阻止欠稅人出境布控申請手續，填制《阻止欠稅人出境布控申請表》，提請出入境管理機關阻止其出境;待結清稅款後，方可出境。
8.稅收保全措施的解除
稅務機關對應當解除查封、扣押措施的，要填寫《解除查封(扣押)通知書》，通知納稅人持《查封商品、貨物、財產清單》或《扣押商品、貨物、財產專用收據》，前來辦理解除查封(扣押)的手續;需解除暫停支付的應當填寫《解除暫停支付存款通知書》，通知銀行或其他金融機構解除暫停支付措施。
9.立案
稅務稽查人員在對未經立案的納稅人實施稽查過程中，發現該納稅人已達到了立案的標準，應立即按有關規定辦理立案手續，被充案。
立案標準：
(1)偷稅、逃稅追繳欠稅、騙取出口退稅、抗稅以及為納稅人、扣繳義務人非法提供銀行帳戶、發票、證明或者其他方便，導致稅收流失的;
(2)未具有本條第壹項所列行為，但查補稅額在5000元以上的;
(3)私自印制、偽造、倒賣、非法代開、虛開發票、非法攜帶、郵寄、運輸或者存放空白發票，偽造、私自制作發票監制章、發票防偽專用品的;
(4)其他稅務機關認為需要立案查處的。
10.簽證
稅務稽查人員在稅務檢查中應當認真填寫《稅務稽查底稿》，責成納稅人、扣繳義務人提供的有關文件、證明材料和資料應當註明出處;稽查結束時，應當將稽查的結果和主要問題向被查對象說明，核對查實，聽取意見。
稅務稽查人員在稅務查帳時，應逐筆如實地記錄稽查中發現的問題及所涉及的帳戶、記帳憑證、金額等細節，全面所映此項稽查工作的情況。制作《稅務稽查底稿》和《稅務稽查簽證表》，實施稽查結束時，交由被查對象的有關負責人逐項核對並認為，證明無誤後簽字蓋章。 稅務稽查審理，是稅務稽查機構立案查處的各類稅務違法案件在檢查完畢基礎上，由專門組織或人員核準事實、審查鑒別證據、分析認定案件性質，制作《審理報告》和《稅務處理決定》或者《稅務稽查結論》的活動過程。
稅務嶴查審理工作應由專門的審理機構和專職審理人員負責。必要時可組織有關稅務人員會審。
處理程序：
A、簡易程序
稅務機關對公民作出50元以下罰款，或對法人及其他組織作出1000元以下罰款，適用簡易程序，應在發出《處理決定書》之前告知當事人，並聽取申辯、陳述的行政處罰程序。
B、壹般程序
稅務機關對公民作出50元(含)以上、2000元以下罰款，或者對法人及其他組織作出1000元(含)以上、10000元以下罰款，應當向當前人送達《稅務行政處罰告知書》，告知當事人有申辯、陳述，否則，視為放棄權力。
C、聽證程序
稅務機關對公民作出2000元(含)以上罰款，或者對法人及其他組織作出1萬元(含)罰款的行政處罰之前，應當向當事人送達《稅務行政處罰告知書》，告知當事人有要求舉行聽證的權力。
要求聽證的當事人應當在《稅務行政處罰告知書》送達之日起3日內向稅務機關書面提出聽證，逾期不提出的，視為放棄聽證權力。 執行人員將《稅務處理決定書》送達被查對象，並監督其執行。被查對角拒不履行納稅義務的，執行人員可填制《稅收保全措施審批表》，報經縣以上局局長批準後，依法對被查對象采取稅收強制措施，必要時移送公安機關處理。