壹：選案環節
由稅務稽查局選案科篩選要進行稅務稽查的對象，選擇方式包括人工選案、計算機選案、舉報、其他等等。選擇完畢後，經稽查局局長批準，再將擬計劃稅務稽查的企業名單送至檢查科進行檢查。
稅務稽查局應當統籌安排檢查工作，嚴格控制對納稅人、扣繳義務人的檢查次數，不能對企業進行太多太頻繁的次數檢查。
二：檢查環節
檢查科再根據選案科的企業名單，組織稽查人員實施稅務稽查，通過采取必要的稽查方法和手段，收集案件的證人證言、書面證據，整理制作了《稅務稽查報告》後，將案件移送至稅務稽查局審理科。
檢查前，稅務稽查應當告知企業檢查時間、需要準備的資料等，檢查應當由兩名以上具有執法資格的檢查人員***同實施，並向被查對象出示稅務檢查證件、出示或者送達稅務檢查通知書。
采取調取賬簿資料、實地檢查、詢問、查詢存款賬戶、異地協查等方式，對企業的財務資料進行稅務稽查，尋找企業少交稅款、晚交稅款的線索，但對於多繳稅款不屬於其稅務檢查的範圍。
檢查科調取賬簿、記賬憑證、報表和其他有關資料時，應當向企業出具調取賬簿資料通知書，並填寫調取賬簿資料清單交其核對後簽章確認。
稅務稽查檢查科詢問應當由兩名以上檢查人員實施。除在被查對象生產、經營、辦公場所詢問外，應當向被詢問人送達詢問通知書。企業當事人可以采取書面或者口頭方式陳述或者提供證言。當事人口頭陳述的證言時，檢查人員應當以筆錄、錄音錄像等方式進行記錄，筆錄的話要由當事人進行逐頁簽章、捺指印。
當事人、證人可以采取書面或者口頭方式陳述或者提供證言。當事人、證人口頭陳述或者提供證言的，檢查人員應當以筆錄、錄音、錄像等形式進行記錄。筆錄可以手寫或者使用計算機記錄並打印，由當事人或者證人逐頁簽章、捺指印。制作錄音、錄像等視聽資料的，應當註明制作方法、制作時間、制作人和證明對象等內容。
以電子數據的內容證明案件事實的，檢查人員可以要求當事人將電子數據打印成紙質資料，在紙質資料上註明數據出處、打印場所、打印時間或者提供時間，註明“與電子數據核對無誤”，並由當事人簽章。
稅務稽查檢查人員實地調查取證時，應當制作現場筆錄，記載實際調查的時間、地點和事件等內容，對現場實地調查取證情況予以記錄，並由檢查人員簽名和當事人簽章。檢查人員還可以異地調查取證，也可以發函委托相關稽查局進行調查取證。
稅務稽查檢查部門如果發現企業有明顯轉移或隱匿其應納稅的財產的行為，恐怕在作出正式補稅決定後企業已經無財產可以繳稅，可以責成企業提供納稅擔保，如果不能提供，經縣以上稅務局局長批準，可以采取稅收強制措施，查封或者扣押企業的財產。
稅務稽查檢查結束前，檢查人員可以將發現的稅收違法事實和依據告知被查對象。被查對象對違法事實和依據有異議的，應當在限期內提供說明及證據材料。被查對象口頭說明的，檢查人員應當制作筆錄，由當事人簽章。
三：審理環節
稅務稽查檢查結束後，審理科對案件進行審理，對於檢查人員的初步意見作出最終決定，形成結論性文書。對於涉案金額較大的，則應當提請稅務局重大稅務案件審理委員會進行審理。
案件審理主要關註的內容包括：稅收違法事實是否清楚，證據是否充分，數據是否準確，資料是否齊全;適用法律法規是否適當，定性是否正確;案件審理過程是否符合法定程序，否存在超越或者濫用職權;稅務處理、處罰建議是否適當。
審理中對於存在不合規行為的檢查資料，應當要求檢查科進行補正或者補充調查。
擬對企業或者當事人作出稅務行政處罰的，應當向其送達稅務行政處罰事項告知書，告知其依法享有陳述、申辯及要求聽證的權利。
被查對象或者其他涉稅當事人可以書面或者口頭提出陳述、申辯意見。對當事人口頭提出陳述、申辯意見，應當制作陳述申辯筆錄，如實記錄，由陳述人、申辯人簽章。
四：執行環節
稅收執行部門根據稅務處理決定書送達至當事人，要求當事人進行補繳稅款，待執行完畢稅款入庫後形成執行報告，並將繳款憑證復印件等資料交給案卷管理科室，進行入庫保管。
對於納稅人未按期繳納稅款的，經縣以上稅務局局長批準，應當依法簽字執行或者依法申請人民法院強制執行。當事人確有經濟困難，可以延期或者分期繳納罰款。
法律依據
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第四條 法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。
法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。
納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。