壹、審核工資支出憑證
稅務機關稽查人員在開展稽查工作的時候，首先會對企業人員的花名冊、考勤表、工資明細賬及計算表進行核查。檢查清楚工資發放的憑證和銀行代發工資卡等數據是否出現問題和漏洞。另外，稽查人員還會檢查企業為員工所繳納社保的情況，假如出現了問題，稽查人員都會按照規範嚴格進行相應的處理。
二、薪資標準是否正常
除了了解審查企業的支出狀況外，稽查人員也會深入了解企業員工的薪資狀況，分析企業的記賬憑證及原始憑證，並且根據企業的業務狀況、生產規模，來核對清楚企業人員的薪資是否符合標準，著重核實工資低於5000元的員工人數占比。
三、檢查津貼、補貼是否發放正確
除了員工的工資方面，稽查人員還會著重分析企業的職工薪酬賬戶與實付的工資是否相對應，比如相關的津貼、補貼、獎金、員工福利費等是否按規定標準發放正確，並且還會對企業通過賬戶發放的獎金、實物等進行詳細的了解。
四、分析企業數據
在完成了上述的稽查事宜後，最後稽查人員會通過金稅三期系統的社保系統，對企業數據進行詳細的分析，主要是檢查工資表中的人員與繳納社保的人員對應是否壹致，並且對申報個人所得稅的人員與其收入情況進行細致的核查。