如果企業少繳稅，經營不正常，非法買賣發票，稅務稽查會很嚴厲。先對企業罰款，再沒收企業違法所得，再停止企業發票供應。還可以將主要涉案人員納入納稅信用黑名單，與其他相關部門聯合懲戒管理，限制高消費。更嚴重的會觸犯刑責，移交司法機關。
如果企業按照稅收相關法律法規正常開展對外業務、納稅和使用發票，那麽稅務檢查並不可怕，相反還可以用來保護企業的正常利益。稅務檢查的各種職能和手段都是以相關稅收法律法規為依據的。沒有違法犯罪，法律就是保護傘。
如果納稅人受到稅務機關的壹些處罰或強制限制，在不確定自己有什麽問題時，可以申請復議。查明原因後，如果被處罰沒有任何問題，可以提前走行政訴訟。
法律依據:《稅務檢查案件處理程序規定》
第四條稅務檢查由稽查局依法實施。稽查局的主要職責是依法檢查處理納稅人、扣繳義務人和其他涉稅當事人履行納稅義務、扣繳義務和涉稅事項的情況，以及圍繞檢查處理開展的其他相關工作。稽查局的具體職責由國家稅務總局根據稅收征管法、稅收征管法實施細則和國家有關規定確定。
第十五條檢查前，稽查局應當告知被檢查對象檢查時間、需要準備的材料等。，除非預先通知會妨礙檢查。
檢查應當由兩名以上具有執法資格的檢查人員進行，並出示稅務檢查證，向被檢查對象出示或者送達稅務檢查通知書，告知其權利和義務。
第十六條檢查應當按照法定權限和程序，采取現場檢查、調取賬簿資料、詢問和查詢存款賬戶或者儲蓄存款、非現場調查等方式進行。
檢查人員可以要求使用電子信息系統進行管理和核算的被檢查對象打開電子信息系統，或者提供與電子信息系統原始電子數據和技術數據壹致的復印件。被檢查對象拒絕公開或者提供的，經稽查局局長批準，可以采用適當的技術手段直接檢查電子信息系統，或者提取、復制電子數據進行檢查，但采用的技術手段不得破壞電子信息系統的原始電子數據或者影響電子信息系統的正常運行。