1、新納入銀行扣稅（費）系統的納稅人，辦稅服務廳壹窗通辦崗在綜合征管信息系統中維護納稅人繳稅賬號，錄入《數據電文申請審批表》，通過外部信息采集與交換綜合服務平臺錄入三方協議信息，打印三方協議書發放納稅人壹式三份，稅務機關和納稅人在協議書上分別簽章。
2、納稅人將三份三方協議書提交給開戶銀行，開戶銀行對協議書有關內容進行確認後，補錄相關信息，簽章並留存壹份，將剩余三方協議書退還納稅人。
3、納稅人將銀行確認後的三方協議書報辦稅服務廳壹窗通辦崗，壹窗通辦崗通過外部信息采集與交換綜合服務平臺進行驗證，驗證通過的三方協議即為有效協議。辦稅服務廳壹窗通辦崗將壹份協議書存檔，壹份交納稅人留存。
公司簽三方協議的流程有哪些：
1、當事人可以參照如下辦理簽訂手續：雙方面見並達成壹致的用人意向，畢業生填寫本人基本情況並簽名，雙方簽訂協議內容；
2、接收單位及主管部門填寫基本情況並蓋章或接收單位及人事代理部門簽署意見並蓋章；
3、畢業生拿協議書回所在學校蓋章後，交院畢業生就業指導中心鑒暑意見並蓋章；
4、院畢業生就業指導中心將就業協議書送省教育主管部門簽證、繳費並蓋章，然後院畢業生就業指導中心將協議書單位聯和畢業生自存聯返還單位和畢業生，編制就業計劃後，再發放報到證
法律依據：
《中華人民***和國民法典》第四百六十四條 合同是民事主體之間設立、變更、終止民事法律關系的協議。婚姻、收養、監護等有關身份關系的協議，適用有關該身份關系的法律規定；沒有規定的，可以根據其性質參照適用本編規定。
《中華人民***和國民法典》第五百零九條 當事人應當按照約定全面履行自己的義務。當事人應當遵循誠信原則，根據合同的性質、目的和交易習慣履行通知、協助、保密等義務。當事人在履行合同過程中，應當避免浪費資源、汙染環境和破壞生態。