（1）按照《國家稅務總局關於印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕28號）的有關規定，實行總分機構企業管理辦法的分支機構企業，不屬匯算清繳範圍，不需參加所得稅匯算清繳。
（2）企業所得稅由國稅部門征管的企業（但需參加地方稅（費）清算和社會保險費年終結算）。
（3）個人獨資、合夥企業及實行查賬征收的個體工商戶均需參加2008年度個人所得稅匯算清繳。
二、匯算清繳時間
（壹）、企業所得稅匯算清繳時間：根據企業所得稅法及實施條例有關規定，納稅人自年度終了之日起五個月內向主管稅務機關辦理企業所得稅匯算清繳。
小型微利企業應在辦理企業所得稅年度申報時填報《小型微利企業認定表》，並要求在 2009年3月31日前壹並辦理減免稅備案，未辦理的不得享受相關的稅收優惠。為保證年度核定征收鑒定工作的開展，要求核定征收企業在2009年3月31日前辦理年度申報。
（二）、個人所得稅匯算清繳時間：根據個人所得稅法及實施條例有關規定，納稅人自年度終了之日起三個月內向主管稅務機關辦理個人所得稅匯算清繳。
三、年度申報方式
凡參加2008年度匯算清繳的企業（單位）均按網上申報方式辦理年度納稅申報。為保證申報工作的準確性，企業（單位）在申報前應先向主管稅務機關報送紙質申報材料，經主管稅務機關收訖後，方可進行網上申報。
四、匯算清繳應報送的資料
（壹）、企業所得稅納稅人應報送的資料：
1.查賬征收納稅人應報送的資料包括：
（1）企業所得稅年度納稅申報表及附表；
（2）財務會計報告；
（3）2008年度當年發生財產損失並已經主管稅務機關審核批準的企業以及房地產企業項目毛利率結算企業必須提供中介機構出具的中介鑒證報告；
（4）其他稅務機關要求報送的有關資料。
2.核定征收納稅人應報送的資料包括：
（1）企業所得稅年度納稅申報表；
（2）其他稅務機關要求報送的有關資料。
（二）、個人所得稅納稅人應報送的資料：
1、個人獨資企業和合夥企業應報送個人獨資企業和合夥企業投資者個人所得稅申報表、財務會計報告（實行查賬征收納稅人）；
2、實行查賬征收的個體工商戶應報送個體工商戶個人所得稅申報表、財務會計報告；
3、其他稅務機關要求報送的有關資料。