1、涉稅事項的調整。收入或者成本方面的調整在審計過程中必然會引起稅金的調整，這裏還得區別所得稅和增值稅，這兩種稅收均有不同的處理方法，從某種意義上很難去判定哪種處理方法的對錯。
(1)所得稅的影響。壹種意見是不修改原始的報稅材料，作為原始報表與申報表的差異進行列報，在發現相關差異的當期進行調整，並補征入庫，這種作法在2007年年初時得到某些中介或者監管機構的倡導，同時稅務部門也允許企業作為自查調查，在以後年度完稅入庫。近期得到的消息卻是，2007年至2008年在證監會被勸退的多家企業都存在類似的問題，其勸退的理由是補稅引起的規範經營效果需要進壹步觀察，通常要求企業再完整、規範運營壹年後再來申報;另壹種意見需要較強的外部協調能力，就是變更原來的相關報稅材料，重新調整原始報表數據，但這種作法也存在較大的風險，需要律師、券商、財政稅務部門以及會計師多方配合，同時還得考慮相關的稅款繳納時間。
(2)增值稅的影響。壹些收入或者存貨的調整項目會延伸到增值稅的調整，實務操作中也存在兩種觀點。壹種觀點是調整增值稅，因為考慮到附加稅直接影響損益，而且相關金額可能較為重大;另壹種觀點是不調整增值稅，實際上壹些收入或者存貨項目的調整對增值稅及相關附加稅的影響都是時間性差異，因此調整沒有必要。個人的意見：除非是特別重大，否則增值稅的調整沒有必要，尤其是小額的進項或者銷項，調整的結果會影響稅金的賬面金額與納稅申報金額，給納稅情況專項審核報告帶來不必要的麻煩。
2、往來款項的核對。在所做的相當多企業中，不管是應收款項還是應付款項，有些企業僅針對收支流水與客戶核對，而忽略了其余額的對賬，對其發函詢證是有必要的。同時，考慮回函情況，個人意見，在操作上，應當建議企業自行清理往來賬，必要時，審計人員應派關鍵審計人員參與企業各個對口部門對相關款項的核對清理(實際上銷售部門對應收賬款和預收賬款應當是較為清楚的;采購部門對預付賬款和應付賬款也是熟悉的;管理層對於其他應收款和其他應付款也是清晰的)