根據近年來小水電站退出的實際情況，小水電站退出的壹般步驟如下:
小水電站清理整頓前，經常組織開展排查。
重點核查已建(含在建)小水電站對國家公園、自然保護區、重要水源涵養區、珍稀物種棲息地、國家級水產種質保護區、國家級風景名勝區的影響，以及對河流生態環境、正常泄洪和下遊生活、生產、生態用水的影響；
重點核查項目是否涉及生態保護紅線；
逐站檢查是否存在無流域規劃和規劃環評支持、規劃環評意見不落實和項目環評審批不落實的情況；
逐站檢查是否存在審批手續不全(如項目審批(核準)、環境影響評價、水資源論證(取水許可)、土地預審、征用(占用)林地等手續)；
逐站檢查是否存在安全隱患突出等問題；
逐站檢查是否存在前期檢查、群眾舉報、媒體曝光等問題。
然後形成小水電站清查報告，與小水電站業主協商退出拆遷補償和生態修復。
協商不能達成壹致意見的小水電站退出，委托第三方評估機構對小水電站退出和拆除進行評估，根據項目的合法性、裝機容量、建設年限、發電量、使用年限、效益、對生態環境的影響等出具評估報告。
由主管部門(或專門成立的協調審議機構)根據評估結論、小水電站的實際情況等。予以批準，確定小水電站退出補償費。
簽訂補償協議有兩種方式。壹種方式是與小水電站業主自願協商確定退出補償費，簽訂補償協議。另壹種情況，由於協商無法達成壹致，根據第三方的評估結論和主管部門批準的補償金額，與小水電站業主簽訂補償協議。
在簽訂的補償協議中，通常會明確約定退出拆遷任務。負責拆除的單位(壹般為小水電站業主)應提前上報退出計劃，然後按期完成小水電站設施拆除和生態環境恢復任務，並應辦理註銷退出小水電站取水許可證等相關手續。
小水電站拆遷和生態治理完成後，由主管部門(或專門成立的協調議事機構)組織相關部門，必要時聘請相關專家進行驗收，並形成驗收意見。
那麽，退役的小水電站最終能補償多少呢？如前所述，第三方評估機構對小水電站撤並拆遷的評估主要依據項目的合法性、裝機容量、建設年限、發電量、使用年限、效益以及對生態環境的影響等，因此最終的補償金額與這些評估中考慮的因素密切相關。目前國家還沒有出臺相關的補償標準，以後也不會出臺這樣具體的補償標準。