根據上述職責，四川省地方稅務局設13個內設機構：
（壹）辦公室。
負責機關文電、機要、會務、檔案、信訪、保密、目標管理、督察督辦、建議提案辦理等工作;承擔政務公開、信息公開、新聞發布、宣傳報道工作;承擔省局內外網站和辦公自動化工作;管理機關財務和其他行政事務；負責地方稅收政務調研和稅收政策理論科學研究和內刊管理；指導稅務社團工作。
主任：王映健副主任：曹雪峰。
（二）政策法規處（審計處）。
負責地方稅收規範性文件的起草審核、備案和公告工作；組織實施稅收法律法規、規章及規範性文件執行情況的監督檢查；承辦綜合稅收政策調研，提出政策建議；規範稅務執法行為，承辦普法教育和行政處罰工作；負責稅務行政復議、行政訴訟和行政賠償工作；承擔重大稅收案件的審理工作；承辦涉及世貿組織有關稅收事項；承辦地稅系統財務、基建、大宗物品采購審計和領導幹部經濟責任審計工作。
處長：李青副處長：劉朝均、楊世清、郭洪麟。
（三）流轉稅處。
負責營業稅、資源稅的征收管理工作，擬訂具體征收管理辦法；對有關法律法規和規章在執行中的壹般性問題依法進行解釋和處理；辦理所管稅種涉稅審批、備案的具體事項。
處長：杜錦副處長：於旸暉。
（四）所得稅處。
負責企業所得稅、個人所得稅的征收管理工作，擬訂具體的征收管理辦法；對有關法律法規和規章在執行中的壹般性問題依法進行解釋和處理；辦理所管稅種涉稅審批、備案的具體事項。
處長：王嶽輝副處長：侯朝貴、鐘成建。
（五）財產和行為稅處。
負責財產和行為各稅種的征收管理工作，擬訂具體的征收管理辦法；對有關法律法規和規章在執行過程中的壹般性問題依法進行解釋和處理；辦理所管稅種涉稅審批、備案的具體事項。
處長：楊世明副處長：陳誌芳、林靜。
（六）國際稅務處。
負責國際稅收法律法規和規章及國際稅收協定的貫徹執行，指導全省涉外企業稅收征管工作，對執行過程中的壹般性問題依法進行解釋和處理；組織實施反避稅調查和涉外稅務審計；辦理涉外企業涉稅審批、備案的具體事項。
處長：賈全民副處長：劉勇。
（七）基金處。
負責國家和地方規定的基金、附加（費）的征收管理工作，擬訂具體的征收管理辦法；對有關法律、法規和規章在執行中的壹般性問題依法進行解釋和處理。
處長：周安政副處長：王曉晨。
（八）納稅服務處。
組織實施全省納稅服務體系建設，擬訂納稅服務工作規範和操作規程；組織實施納稅輔導、咨詢服務等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議調解；組織實施稅收信用體系建設；承辦稅法宣傳工作；貫徹落實註冊稅務師管理政策並監督實施。
處長：何自金副處長：張莉萍。
（九）征管和科技發展處（行政審批處）。
負責全省地方稅收綜合性征收管理，擬訂征收管理長期規劃和綜合性方案；擬訂和組織實施稅收管理信息化的總體規劃和實施方案；承辦稅收管理信息化建設中業務需求整合和流程優化的綜合管理工作；承擔對大型企業提供納稅服務工作，實施稅源監控和管理，開展納稅評估；負責地方稅收發票管理；負責省政務服務中心地稅窗口的管理工作，牽頭承辦地方稅務行政審批工作。
處長：張海副處長：曾正祥、吳紅燕。
（十）收入規劃核算處。
編制全省地方稅收收入中長期規劃和年度稅收計劃並監督執行;參與起草全省稅費款征繳和退庫制度，監督檢查稅費款征繳和退庫情況;組織開展稅收收入的分析、預測和重點稅源監控管理工作;管理稅收票證和稅收數據;負責稅收統計工作。
處長：王捷副處長：王永東。
（十壹）財務管理處。
負責全省地稅系統經費、財務、裝備、固定資產和專項資金的管理工作，擬訂全省地稅系統財務管理、基本建設管理辦法;編制、審核、匯編地稅系統的財務預決算；辦理各項經費領撥。
處長：曾鍵副處長：吳莉、王育。
（十二）人事處。
負責地稅系統幹部人事工作，會同有關部門管理地稅系統機構編制工作；擬訂地稅系統人事管理制度並組織實施；負責全省地稅系統幹部教育培訓規劃並組織實施。
處長：黃剛才副處長：胡學禮、袁誌。
（十三）離退休人員工作處。
負責機關離退休人員工作，指導全省地稅系統離退休人員工作。
副處長：包善玉（主持工作）。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作；組織實施地稅系統思想政治工作、精神文明建設。其辦事機構由省地稅局黨組按照省委規定設置，並掛基層工作處牌子。
機關黨委辦公室主任：董放明。