學院始終把學科建設作為學院發展的首要任務和職責。現有壹級學科四個，擁有應用經濟學壹級學科博士學位授權點，應用經濟學博士後流動站，10個碩士學位點，5個專業碩士學位點。金融學為省級重點學科、會計學為省級特色學科，2011年應用經濟學壹級學科評為省級重點學科（以上資料於2013年摘自該學院官網 ）。
學院院實施積極措施鼓勵老師開展科學研究，學院設立“東吳商學院青年教師科研資助項目”，出臺“東吳商學院科研貢獻獎勵暫行辦法” 和“東吳商學院研究生論文獎勵試行辦法”，加大對高質量科研論文的獎勵力度。學院縱橫向科研經費和壹、二區論文數量持續上升。學院擁有鄉鎮經濟研究所、世界經濟研究所、財務與會計研究所、企業創新和發展研究中心、企業風險管理與績效評價研究中心、企業案例研究中心等科研機構，先後多次舉辦國際性與全國性學術會議。學院***承擔國家、省、市各級科研課題200多項，撰寫出版專著235本，發表學術論文1000多篇，獲得170多項科研成果獎。2011年學院獲蘇州大學科研優秀組織獎（以上資料於2013年摘自該學院官網 ）。
學院十分重視學術論壇建設，設有蘇州信托商學大講壇和東吳MBA大講壇，每年邀請國內外著名學者和知名企業高層管理人員來學院作學術報告。學院還積極主辦國際性學術會議，鼓勵老師參加國內外學術會議。 姓 名方 向李曉峰企業管理魏文斌企業管理陳壹星企業管理馬絕塵企業管理張方華企業管理陳銘企業管理趙增耀企業管理孫永正企業管理趙建新企業管理方健雯企業管理沈能企業管理王敏企業管理萬解秋金融貝政新金融喬桂明金融王光偉金融薛譽華金融姚海明金融徐濤金融段昆金融鄭曉玲金融常巍金融陳作章 金融張雪芬會計羅正英會計俞雪華會計黃鵬會計王則斌會計劉海燕會計陳誌強會計張薇會計周中勝會計朱雪珍會計滕青會計碩士邢建國世界經濟李宗誠政治經濟顧建平政治經濟朱學新農業經濟管理徐文華農業經濟管理鮑靈光財政孫文基財政黃肖廣財政陳忠財政茆曉穎財政朱福興財政邵建華稅務碩士袁建新國際貿易蔣珠燕國際貿易王俊國際貿易毛群英國際貿易楊穎國際商務徐春秀產業經濟顧建平產業經濟張斌產業經濟段進軍區域經濟夏永祥區域經濟（以上資料於2013年摘自該學院官網 ）