根據上述職責，市財政局設14個職能處科室。
（壹）辦公室（掛信息中心牌子）
組織協調局機關日常工作；擬訂工作制度、工作計劃並監督實施；負責局機關文電、信息宣傳、機要、檔案、安全保密、應急管理、信訪、政務公開、督查督辦、會議組織等工作；負責局機關綜合性文稿起草、政策性研究工作；負責局機關、指導直屬單位財務、國有資產管理工作；負責全市財政系統信息網絡的利用、指導和管理工作。
（二）人事科
負責局機關和直屬單位的人事管理、機構編制和教育培訓工作；制定並組織實施全市財政系統教育培訓規劃；指導全市財政系統幹部隊伍建設工作。
（三）預算科
提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；編制年度市級預決算草案，並承擔按法定程序向市人大匯報工作，辦理市級預算追加追減事宜；提出增收節支和平衡預算的政策措施和建議；承擔市級部門預算審核、批復、調整工作；承擔市級部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；研究建立財政支出績效評價制度和評價體系；承擔市對縣（市、區）的轉移支付工作，匯總年度全市財政預算；擬訂地方政府性債務管理制度和辦法；管理財政預算內行政機構、事業單位和社會團體的非貿易外匯。
（四）國庫科
組織預算執行及分析預測；組織執行總預算會計、行政單位會計及政府會計制度；擬訂並執行國庫管理制度、國庫集中收付制度；管理市級財政和預算單位賬戶、財政決算及總會計核算；負責市級財政資金調度；承擔國庫現金管理的有關工作。
（五）稅政科（掛法規科牌子）
提出實施稅制改革和地方性稅種增減、稅目稅率調整、減免稅以及對市級財政影響較大的臨時特案減免稅等重大事項的建議；研究關稅和進口稅收政策；開展稅源調查分析；提出地方性稅收建議；組織擬訂有關規範性文件，承擔局機關規範性文件的合法性審核工作；承辦國家賠償費用管理工作；承擔有關行政復議、行政應訴工作。
（六）行政政法科
承擔行政、政法、外事等方面的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；執行國家和省制定的行政性經費的財務管理制度和國（境）外機構人員生活待遇標準；提出所聯系部門和單位的年度預算安排建議，審核其年度財務決算；承擔統壹著裝管理有關工作。
（七）教科文科
承擔教育、科技、文化等方面的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；擬訂事業單位通用的財務管理制度，擬定新聞、出版和電影等行業的財務管理制度；提出所聯系部門和單位的年度預算安排建議，審核其年度財務決算；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作，按照規定管理重大科技專項資金。
（八）農業科
承擔農業、林業、水利等方面的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；擬訂財政支農資金管理辦法和相關行業財務管理制度；提出所聯系部門和單位的年度預算安排建議，審核其年度財務決算；管理支農專項資金，管理政策性農業和扶貧專項貸款貼息，統籌安排財政扶貧資金。
（九）社會保障科
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等方面的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；提出所聯系部門和單位的年度預算安排建議，審核其年度財務決算；會同有關部門管理市級財政社會保障和就業及醫療衛生支出、擬訂有關資金（基金）財務管理制度；承擔社會保險基金財政監管工作；編制市級社會保障預決算草案；匯總審核全市社會保險基金預決算草案。
（十）基層財政管理科
擬訂鄉鎮財政財務管理的有關制度、辦法並組織實施，指導鄉鎮財政、財務管理；監督管理村級財政資金；參與監督檢查財政用於“三農”的資金使用情況；指導全市“鄉財縣管鄉用”改革工作。
（十壹）會計科
管理全市的會計工作；提出會計改革的政策建議，擬訂有關規章制度；負責會計從業資格管理工作；按規定承擔會計專業技術資格管理工作；組織指導會計人員的業務培訓；指導和監督會計電算化工作；指導和管理社會審計。
（十二）行政事業資產科（掛市清產核資辦公室牌子）
擬訂行政事業單位國有資產管理規章制度並組織實施；指導監督全市行政事業單位國有資產管理工作；按規定承擔市級行政事業單位國有資產管理有關工作。
（十三）市農村綜合改革辦公室
擬訂全市農村綜合改革規劃、方案和政策措施，指導和推動全市農村綜合改革；承擔市農村綜合改革領導小組的具體工作。
（十四）監督檢查處
擬訂財政監督檢查的政策和制度；監督財稅法規、政策執行及預算編制和執行情況，承擔會計信息質量的監督檢查工作，依法查處違法違規行為；檢查反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；組織協調財稅、審計監督檢查工作，依法查處重點違反財經紀律和打擊報復案件；監督直屬單位財務收支管理情況。
離退休幹部科負責局機關、指導直屬單位離退休人員的管理服務工作。