首先，托運人面臨著巨大的應收款風險。如果聯運貨物在轉運港或始發站裝上火車，貨物買賣雙方未完成貨款結算，發貨人將無憑證控制在途貨物的貨權，面臨不可預見、不可控制的應收風險。貨物到達目的站後，收貨人可以自行辦理提貨手續。如果貨物沒有按時支付給發貨人，發貨人將面臨非常被動的局面。事實上，中國已經有很多出口商在這方面遭受損失的案例，違約的收貨人會用各種方法拖延。有些企業為了不讓發貨人追回貨款，甚至采取註銷原公司的方式，讓發貨人感到無奈，欲哭無淚。
其次，鐵路聯運的貨代無法實現貨款回籠，還面臨應收賬款的風險。在與國際貨物貿易相關的國際貨物運輸中，貨運代理壹般由收貨人指定。也就是說，貨代與收貨人簽訂貨代合同，發貨人或出口商只需按照銷售合同在指定地點將貨物交給收貨人指定的貨代公司，就相當於完成了合同交貨義務。如果聯運貨物的最後壹段通過鐵路運輸，貨運代理將面臨要麽在貨物上鐵路之前要求客戶支付運費，要麽在貨物離開之後要求收貨人付款的情況。同樣，貨物到達目的站後，貨代無法控制和幹預收貨人自行提貨的過程。壹旦收貨人拒絕支付運費和服務費，貨代就會極為被動。
再次，阻礙銀行等機構圍繞鐵路聯運貨物提供票據、擔保、托收等金融和中介服務。眾所周知，海運和多式聯運的提單代表了貨物的權利，出口商可以利用提單向銀行提供抵押，申請信用證(信用證)議付和跟單托收等。在國際貿易中，缺乏互信的買賣雙方壹方面可以通過銀行服務改善各自的資金流動，另壹方面通過銀行等可信中介的參與，大大降低商業風險。而鐵路運單依附於貨物的流通形式，使得銀行等機構無法圍繞鐵路聯運貨物開發合理的金融信貸工具，並提供上述服務。
最後，不利於商業秘密的保護。OEM和switch貿易在國際貿易中壹直占有相當大的比重。在大多數情況下，OEM的委托方和switch貿易的中間商並不會將產品從廠家運輸到他們的倉庫再轉運給下遊客戶，而往往會安排貨代直接從廠家提貨，直接從出發地送到最終收貨人指定的目的地，從而達到節約物流成本、簡化手續的目的。在貨物以鐵路聯運方式出口的情況下，雖然委托方和OEM加工的中間商在辦理貨物托運時，可以根據自己的指令指定貨代填寫運單信息，但由於鐵路運單也是目前生產企業出口退稅的重要憑據之壹，因此運單上的收貨人信息必然會落入生產企業手中。對於OEM客戶和中間商來說，客戶信息是高度機密的。由於擔心使用鐵路聯運會造成客戶信息泄露，OEM客戶和中間商可能會放棄使用鐵路聯運而采用其他運輸方式來完成貨物運輸，這不利於客戶積極使用鐵路聯運來節約物流成本，降低貿易執行效率。
可見，鐵路運單功能和形式上的不足，給很多相關當事人造成了不便，帶來了很大的風險。客觀上已經成為制約中國與歐亞國家之間，以及世界其他國家與歐亞國家之間貨物貿易暢通的障礙，成為亟待解決的問題。為國際鐵路組織成員國量身定制適應現代貿易發展需要、便捷可行的運單流通和使用規則，已成為當務之急。壹套被各國廣泛接受的、完整而嚴格的、能保持貨物所有權憑證流通性的通則。它不僅可以為當事人的權利提供有效的保護，也是銀行和其他機構(如保理和進出口保險公司)共同參與的前提條件，為鐵路聯運的參與各方提供完善的服務，促進亞歐大陸橋各國之間的貿易和經濟發展。
然而，國際鐵路多式聯運涉及鐵路、海關、多式聯運運營商、貨運代理和許多其他利益方。這麽多不同國家的部門和行業壹起解決這個問題是非常困難的。目前主要問題是信用體系不健全的周邊國家官員不夠積極。