1，不同形式:無紙化通關依托海關H2000操作系統，采用企業網上申報、海關電子數據審核、電子信息通關等方式。對於不涉及證書稅的進出口貨物，企業登錄中國電子口岸，選擇無紙化報關和海關計算機系統審核。報關單還是紙質單據。
2.便利程度不同:無紙化報關後，如果無法取得出口貨物艙單(碼頭收據復印件)，通常可以用“無紙化出口通關通知單”代替“出口貨物艙單”進行備案。但由於退稅的屬地管理，各地要求不壹。主管稅務機關有其他要求的，從其要求。
3.適用範圍不同:目前我國大部分海關已經實行無紙化通關。實行無紙化通關的地區，需要提供退稅無紙化放行通知書，可以加蓋報關行專用章，不需要加蓋關封。報關單適用於中國所有主要海關。
4.使用程序不同:對於已經實施無紙化通關的地區，報關完成後，報關行需要自行在網上打印企業留存聯和無紙化放行通知書，並加蓋報關行的報關印章。報關單需要按照填報規範填寫所有數據才能填報。
如果采用無紙化通關模式申報，出口退稅操作流程不變。企業可進入中國電子口岸執法系統-進出口收付款，在報關單上打印進出口收付款憑證。
放行通知單是申報後的壹種通關狀態，有貨物查驗通知單、結論通知單、紙張轉移通知單等幾種。報關單是記錄貨物內容的。
擴展數據:
填寫報關單的要求:
1.報關單的填寫壹定要真實，有兩點壹定要壹致:壹是單證壹致，即報關單與合同、批文、發票、裝箱單壹致；二是單貨壹致，即報關單申報的內容與實際進出口貨物壹致。
2.不同合同的貨物不能填寫在同壹個報關單上；同壹批貨物中貿易方式不同的貨物，也必須以不同的報關單向海關申報。
3.壹份報關單上有多種不同商品的，應當分別列明，但壹份報關單上海關統計商品號的商品最多不超過五種。
4.用進口料件加工的料件，以及進口後批準內銷或作為資產使用的料件，還應填寫《進口貨物報關單》。
5.報關單上申報的項目應準確、完整。
6、電腦預錄入的報關單，其內容必須與原報關單完全壹致。
7.向海關提交的報關單如發現錯誤，應立即填寫《報關單更正表》，到海關辦理更正手續。
8.海關放行的出口貨物，因運輸工具積載原因，部分或全部無法裝載原申報運輸工具的，出口貨物收發貨人應當向海關提交《出口貨物報關單變更申請》。
參考資料:
百度百科-無紙化通關
百度百科-報關單