偷稅罪從本質上說具有“雙重違法性”，即同時違反了稅收行政法規和刑法法規，因此，從法理上講，偷稅罪的行為人（自然人或單位）必須同時承擔“雙重責任”，也即必須承擔行政責任和刑事責任，也就必須同時接受行政處罰和刑罰。這樣就出現了行政處罰與刑罰的適用銜接問題。
（壹）行政處罰與刑罰處罰在實體法上的銜接問題
行政處罰與刑罰處罰是分別針對不同的違法者所采取的兩種性質互異的制裁措施，違反行政法者應受行政制裁，違反刑法者應受刑事制裁。對偷稅罪的行政處罰與刑罰的適用銜接問題，在當前刑法及行政法理論界中普遍認為，應當適用合並適用的原則，即當同壹稅收違法行為既違反行政法規範又觸犯刑律而發生行政處罰與刑罰處罰的並合時，原則上應該予以合並適用（即既要追究其刑事責任，給予刑罰處罰，又要追究其行政法律責任，適用行政處罰）。只有這樣，才能全面追究犯罪分子的法律責任，有效地打擊犯罪和預防犯罪。比如，對偷稅、抗稅的犯罪人，僅予以刑罰處罰並不能挽回犯罪人給國家造成的損失及其應履行的法定義務，還必須由有關行政機關責令其補繳稅款，或停止其發票的供應及使用等。
但應該指出的是，行政處罰與刑罰處罰應當合並適用與實際上是否合並適用不可混同。由於實際情況復雜，有時會出現某些不能合並或者無須合並適用的情況，如人民法院已判處罰金後，稅務機關就不能再處罰款；稅務機關罰款後，量刑時可折抵罰金。因此，行政處罰與刑罰處罰的合並適用只是壹般原則，在具體對偷稅罪合並適用時應視不同情況采用不同的方法予以銜接。在稅務執法工作實踐中，主要有以下幾種主要情況：法人或其他組織有稅收違法犯罪行為的，如果人民法院依法追究了單位的刑事責任和直接責任人員的刑事責任，稅務機關還可對該法人或其他組織依法適用稅務行政處罰，主要是指能力罰如停售發票和責令限期改正稅收違法行為等。某些犯罪情節輕微，法律規定可以免予刑事處分的，根據全國人大的相關規定，人民法院免刑後，稅務機關應依法給予犯罪者以相應的行政處罰。
（二）行政處罰與刑罰處罰在程序上的銜接問題
對偷稅罪的行政處罰與刑罰處罰應該分別由稅務機關和司法機關按行政處罰程序與刑事訴訟程序予以適用，這就會出現行政處罰程序與刑事訴訟程序的交叉牽連狀況，就需要將二種程序有機地協調、統壹起來，以避免程序上沖突和由此產生實體法上的錯誤，從而影響處罰功能的有效發揮，使違法行為人得不到應有的制裁或其合法權益受到損害。
1、偷稅刑事案件的移送規定
在行政處罰與刑罰處罰並合的情況下，在適用程序上應遵循刑事優先原則。即原則上應先由司法機關按刑事訴訟程序解決行為人的刑事責任問題，再由稅務機關依行政處罰程序解決行為人的行政處罰責任。稅務機關在查處稅務行政違法活動過程中，認為行為人的行為已經構成犯罪或者可能構成犯罪的，應及時主動地將案件移送有管轄權的司法機關先行處理，受移送的司法機關應依法及時、積極地立案、偵查和處理。司法機關對稅務機關正在查處的稅務行政違法案件，可以主動介入和監督檢查，認為行為人的行為已構成犯罪或者可能構成犯罪的，應該有權要求稅務機關移送案件作為刑事案件予以立案，有關稅務機關應該立即移交，並予積極協助，以避免稅務機關與司法機關在行為人是否構成犯罪的問題上看法分歧而影響案件的及時查處。在移送案件時，稅務機關應將全部案卷材料、證據及贓物的清單、照片等壹並移交給司法機關，對贓物除不易長期保存的可依法處理外，應當就地封存，妥善保管，以便司法機關查核。
2、具體適用程序的銜接關系問題：
在稅收執法實踐過程中，稅務行政處罰程序壹般會發生在刑事訴訟程序之先，這在現實中主要有三種情況：壹是稅務機關無法判斷違法行為是否構成犯罪但又需要及時對行為人予以稅務行政處罰，而先行適用了行政處罰。對於這種情況，稅務機關如果發現該行為已構成犯罪，應立即移送有管轄權的司法機關立案再處理。二是稅務機關定性錯誤，將稅務行政犯罪案件作為稅務行政違法案件而對行為人先行適用了行政處罰。這種情況主要是因稅務機關主觀認識上的偏差所導致的，稅務機關往往不會主動移送司法機關立案。但違法行為是否構成犯罪只能由司法機關依法以刑事訴訟程序才能最終認定，所以司法機關壹旦發現稅務機關定性確系錯誤，雖予以行政處罰還須追究行為人的刑事責任時，有權要求稅務機關將案件移送作為刑事案件予以立案或自行決定立案再處理。三是稅務機關明知違法行為構成犯罪而故意作為壹般稅務行政違法行為對行為人先行適用了行政處罰（即通常所說的以罰代刑問題）。對於這種情況，由於是稅務機關故意不移交司法機關立案而造成的，按照國務院《行政執法機關移送涉嫌犯罪案件的規定》，對此種情況，應責令稅務機關將案件移送司法機關或可以由司法機關自行決定立案再處理，對不移送案件的稅務機關主管人員和直接責任人員，可建議監察部門或上級稅務機關予以行政處分，對於其中構成犯罪的，還可依法追究其刑事責任，以杜絕此類現象，保證稅務機關嚴格履行將在查處稅收違法活動中發現的犯罪案件及時移送司法機關的義務。
3、司法機關查處偷稅案件後的處理。
司法機關對稅務機關移送的偷稅案件，或直接受理的偷稅案件進行查處之後，可分別不同情況作出如下處罰：
①行為人構成偷稅罪並已予刑罰處罰的，除了稅務機關通過稅務行政處罰程序予以處罰以外，可建議有關行政機關作出相關的行政處罰。對這種情形除司法機關追究刑事責任和稅務機關追繳稅款以外，還需要剝奪其可能借以繼續從事該違法犯罪活動的有關條件，如可建議工商行政管理機關予以吊銷許可證或執照等行政處罰。
②行為人雖構成偷稅罪，但依法被免除刑罰處罰的，司法機關應將犯罪性質和處理結果向有關行政機關通報，以便由行政機關根據情況依法對行為人予以行政處罰。
③行為人的行為不構成偷稅罪，但違反了稅務行政法律法規的，應立即轉交有管轄權的稅務機關，由有管轄權的稅務機關依法予以行政處罰。
④司法機關對稅務機關移送的偷稅案件，認為行為人的行為不構成偷稅罪，應及時向先前移送案件的稅務機關轉達意見，供稅務機關參考。