農產品增值稅當期允許抵扣的進項稅額，按照農產品單位消耗量、當期銷售商品數量、農產品平均收購單價(含稅，下同)和農產品增值稅抵扣率(以下簡稱“抵扣率”)計算。公式是:
當期允許抵扣的農產品增值稅進項稅額=當期農產品消費數量×農產品平均收購單價×抵扣率/(1+抵扣率)
本期農產品消費量=本期銷售商品數量(不包括購買除農產品以外的半成品生產的商品數量)×農產品單耗。
使用單壹農業原料生產多種商品或者使用多種農業原料生產多種商品的，應當按照合理的方法歸集和分配農產品的當期消耗量和平均收購單價。
平均收購單價是指期末農產品的平均收購價格，不包括除收購價格之外單獨支付的運費和入庫前的整理費用。期末平均進價計算公式:
期末平均收購價格=(期初庫存農產品數量×期初平均收購價格+本期收購農產品數量×本期收購價格)/(期初庫存農產品數量+本期收購農產品數量)
註意事項:
1.抵扣進項稅的原始憑證是否真實、合法、合理；是否符合相應的使用範圍；專用發票的開具是否符合要求；面值的邏輯關系是否正確；防偽稅控系統開具的增值稅專用發票是否經過認證；認證或及時申報。
2.購入的固定資產是否以低值易耗品和修理利用備件的名義入賬，以各種借口抵扣進項稅額；購入固定資產支付的運費是否已申報抵扣進項稅額；
3.外購貨物用於非應稅項目、集體福利和個人消費等後是否仍申報抵扣進項稅額。
4.非正常損失的外購商品、在產品、產成品是否以正常損失報批，進項稅是否結轉轉出。
5、企業從事非應稅服務，分別申報繳納增值稅、營業稅時，進口貨物是否全額申報抵扣進項稅額；外商投資企業既從事出口又從事內銷的，是否按照采購的國內原材料全額抵扣進項稅額。
6.如果收回或折價購買並收回價款和增值稅，當期進項稅額不會相應減少，造成虛增進項稅額。
7.從買方取得的平銷返利是否在不抵扣進項稅額的情況下轉入表外金庫；或者將獲得的實物回扣以接受捐贈的名義入賬，不抵扣進項稅額；從買方取得的定額回扣是否在未抵扣進項稅額的情況下錯誤核銷。