案頭審核是指對納稅人報送的清算資料進行數據、邏輯審核，重點審核項目歸集的壹致性、數據計算準確性等。
實地審核是指在案頭審核的基礎上，通過對房地產開發項目實地查驗等方式，對納稅人申報情況的客觀性、真實性、合理性進行審核。
第十七條 清算審核時，應審核房地產開發項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對於分期開發的項目，是否以分期項目為單位清算；對不同類型房地產是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。
第十八條 審核收入情況時，應結合銷售發票、銷售合同（含房管部門網上備案登記資料）、商品房銷售（預售）許可證、房產銷售分戶明細表及其他有關資料，重點審核銷售明細表、房地產銷售面積與項目可售面積的數據關聯性，以核實計稅收入；對銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不壹致，而發生補、退房款的收入調整情況進行審核；對銷售價格進行評估，審核有無價格明顯偏低情況。
必要時，主管稅務機關可通過實地查驗，確認有無少計、漏計事項，確認有無將開發產品用於職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等情況。
第十九條 非直接銷售和自用房地產的收入確定
（壹）房地產開發企業將開發產品用於職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時應視同銷售房地產，其收入按下列方法和順序確認：
1. 按本企業在同壹地區、同壹年度銷售的稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。
（二）房地產開發企業將開發的部分房地產轉為企業自用或用於出租等商業用途時，如果產權未發生轉移，不征收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應的成本和費用。
第二十條 土地增值稅扣除項目審核的內容包括：
（壹）取得土地使用權所支付的金額。
（二）房地產開發成本，包括：土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建築安裝工程費、基礎設施費、公***配套設施費、開發間接費用。
（三）房地產開發費用。
（四）與轉讓房地產有關的稅金。
（五）國家規定的其他扣除項目。
第二十壹條 審核扣除項目是否符合下列要求：
（壹）在土地增值稅清算中，計算扣除項目金額時，其實際發生的支出應當取得但未取得合法憑據的不得扣除。
（二）扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是實際發生的。
（三）扣除項目金額應當準確地在各扣除項目中分別歸集，不得混淆。
（四）扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用，必須是在清算項目開發中直接發生的或應當分攤的。
（五）納稅人分期開發項目或者同時開發多個項目的，或者同壹項目中建造不同類型房地產的，應按照受益對象，采用合理的分配方法，分攤***同的成本費用。
（六）對同壹類事項，應當采取相同的會計政策或處理方法。會計核算與稅務處理規定不壹致的，以稅務處理規定為準。
第二十二條 審核取得土地使用權支付金額和土地征用及拆遷補償費時應當重點關註：
（壹）同壹宗土地有多個開發項目，是否予以分攤，分攤辦法是否合理、合規，具體金額的計算是否正確。
（二）是否存在將房地產開發費用記入取得土地使用權支付金額以及土地征用及拆遷補償費的情形。
（三）拆遷補償費是否實際發生，尤其是支付給個人的拆遷補償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊或簽收憑證是否壹壹對應。
第二十三條 審核前期工程費、基礎設施費時應當重點關註：
（壹）前期工程費、基礎設施費是否真實發生，是否存在虛列情形。
（二）是否將房地產開發費用記入前期工程費、基礎設施費。
（三）多個（或分期）項目***同發生的前期工程費、基礎設施費，是否按項目合理分攤。
第二十四條 審核公***配套設施費時應當重點關註：
（壹）公***配套設施的界定是否準確，公***配套設施費是否真實發生，有無預提的公***配套設施費情況。
（二）是否將房地產開發費用記入公***配套設施費。
（三）多個（或分期）項目***同發生的公***配套設施費，是否按項目合理分攤。”
第二十五條 審核建築安裝工程費時應當重點關註：
（壹）發生的費用是否與決算報告、審計報告、工程結算報告、工程施工合同記載的內容相符。
（二）房地產開發企業自購建築材料時，自購建材費用是否重復計算扣除項目。
（三）參照當地當期同類開發項目單位平均建安成本或當地建設部門公布的單位定額成本，驗證建築安裝工程費支出是否存在異常。
（四）房地產開發企業采用自營方式自行施工建設的，還應當關註?等情況。
（五）建築安裝發票是否在項目所在地稅務機關開具。
第二十六條 審核開發間接費用時應當重點關註：
（壹）是否存在將企業行政管理部門（總部）為組織和管理生產經營活動而發生的管理費用記入開發間接費用的情形。
（二）開發間接費用是否真實發生，有無預提開發間接費用的情況，取得的憑證是否合法有效。
第二十七條 審核利息支出時應當重點關註：
（壹）是否將利息支出從房地產開發成本中調整至開發費用。
（二）分期開發項目或者同時開發多個項目的，其取得的壹般性貸款的利息支出，是否按照項目合理分攤。
（三）利用閑置專項借款對外投資取得收益，其收益是否沖減利息支出。
第二十八條 代收費用的審核。
對於縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，審核其代收費用是否計入房價並向購買方壹並收取；當代收費用計入房價時，審核有無將代收費用計入加計扣除以及房地產開發費用計算基數的情形。
第二十九條 關聯方交易行為的審核。
在審核收入和扣除項目時，應重點關註關聯企業交易是否按照公允價值和營業常規進行業務往來。
應當關註企業大額應付款余額，審核交易行為是否真實。
第三十條 納稅人委托中介機構審核鑒證的清算項目，主管稅務機關應當采取適當方法對有關鑒證報告的合法性、真實性進行審核。
第三十壹條 對納稅人委托中介機構審核鑒證的清算項目，主管稅務機關未采信或部分未采信鑒證報告的，應當告知其理由。
第三十二條 土地增值稅清算審核結束，主管稅務機關應當將審核結果書面通知納稅人，並確定辦理補、退稅期限。”
二、根據《關於營改增後契稅 房產稅 土地增值稅 個人所得稅計稅依據問題的通知》（財稅〔2016〕43號）第三條規定：“土地增值稅納稅人轉讓房地產取得的收入為不含增值稅收入。
《中華人民***和國土地增值稅暫行條例》等規定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。”
第五條規定：“免征增值稅的，確定計稅依據時，成交價格、租金收入、轉讓房地產取得的收入不扣減增值稅額。”
第六條規定：“在計征上述稅種時，稅務機關核定的計稅價格或收入不含增值稅。
本通知自2016年5月1日起執行。”