申請房貸退稅通過扣繳義務人申報、綜合所得年度自行申報兩種方式中任選壹種，這兩種申報方式主要區別還是在於申報對象不同，具體如下：
1、通過扣繳義務人申報：這種指的是向單位申報個人信息，每個月稅務機關會把專項附加扣除相關信息全量推送至單位，單位可以從代扣繳軟件獲取員工已經報送的專項附加扣除信息，並從中計算出員工應預扣預繳的稅款，再向稅務機關辦理全員全額納稅申報。最後從工資中減去應繳的稅款，剩下的就是妳的到手工資了。
2、綜合所得年度自行申報：這種指的是直接向稅務機關申報，即每個月單位發放工資時正常扣稅，然後由納稅人自己在第二年去稅務機關辦理匯算清繳，並將有關信息提供給稅務機關，讓稅務部門其辦理退稅。法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》第壹條為了加強稅收征收管理，規範稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。第二條凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。第三條稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行;法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。
退稅申報方式的比較與選擇涉及到個人或企業在申報退稅時面臨的選擇。根據不同國家或地區的稅法規定，退稅申報方式可能包括在線申報、郵寄申報、紙質申報等多種形式。在選擇退稅申報方式時，需要考慮以下因素：申報的方便程度、速度和準確性、所需的申報材料、適用的稅務規定等。個人可以根據自身情況選擇最適合的方式，如通過電子申報平臺在線提交申報，或者郵寄紙質申報表格。對於企業來說，可能需要考慮申報方式對於內部流程的影響，以及與稅務部門的溝通方式等。因此，在選擇退稅申報方式時，需要綜合考慮各種因素，以確保申報的順利進行並遵守相關法規。
法律依據：
中華人民***和國個人所得稅法（2018修正）： 第十三條 納稅人取得應稅所得沒有扣繳義務人的，應當在取得所得的次月十五日內向稅務機關報送納稅申報表，並繳納稅款。納稅人取得應稅所得，扣繳義務人未扣繳稅款的，納稅人應當在取得所得的次年六月三十日前，繳納稅款；稅務機關通知限期繳納的，納稅人應當按照期限繳納稅款。居民個人從中國境外取得所得的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內申報納稅。 非居民個人在中國境內從兩處以上取得工資、薪金所得的，應當在取得所得的次月十五日內申報納稅。納稅人因移居境外註銷中國戶籍的，應當在註銷中國戶籍前辦理稅款清算。