參考文件：《國家稅務總局關於營改增試點若幹征管問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第53號）第八條 納稅人跨縣（市、區）提供建築服務，在向建築服務發生地主管國稅機關預繳稅款時，需填報《增值稅預繳稅款表》，並出示以下資料：……（三）從分包方取得的發票復印件（加蓋納稅人公章）。
2、預繳的稅款可以在機構所在地申報時抵減。
納稅人跨縣（市、區）提供建築服務，向建築服務發生地主管稅務機關預繳的增值稅稅款，可以在當期增值稅應納稅額中抵減，抵減不完的，結轉下期繼續抵減。
參考文件：《國家稅務總局關於發布《納稅人跨縣（市、區）提供建築服務增值稅征收管理暫行辦法》的公告》（國家稅務總局公告2016年第17號）第八條。
3、差額扣除了，就不能再重復差額扣除，也不能抵扣進項稅額。
財稅〔2016〕36號文件附件2《營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》
第壹條第（三）項9點規定，試點納稅人提供建築服務適用簡易計稅方法的，以取得的全部價款和價外費用扣除支付的分包款後的余額為銷售額。
第壹條第（三）項11點規定，試點納稅人按照上述4－10款的規定從全部價款和價外費用中扣除的價款，應當取得符合法律、行政法規和國家稅務總局規定的有效憑證。否則，不得扣除。
上述憑證是指：
（1）支付給境內單位或者個人的款項，以發票為合法有效憑證。
納稅人取得的上述憑證屬於增值稅扣稅憑證的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
根據上述規定，納稅人取得的專用發票作為差額扣除憑證的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。