根據上述職責，省教育廳（省委教育工作委員會）設17個內設機構：
（壹）辦公室 。
負責文電、會務、機要、信訪、宣傳和檔案管理工作；負責綜合性文稿的起草工作；承擔信息、督查、保密、政務公開和電子政務等工作；綜合協調機關政務工作。
（二）組織幹部處。
指導高等學校黨的建設和統戰工作；受省委委托，會同省委組織部管理省屬高等學校領導幹部，承擔高校領導班子日常管理工作；參與中央部委在皖高等學校、市屬高等學校領導班子調整配備工作；負責民辦高等學校校長任免的核準和督導專員（兼黨組織負責人）的管理工作。
（三）思想政治工作處。
統籌管理和指導教育系統思想政治工作；宏觀指導各級各類學校安全穩定、政治保衛、精神文明建設以及網絡文化建設和管理工作；負責廳屬高等學校和廳屬中專學校教師與學生思想政治、安全穩定以及輔導員隊伍建設工作；管理和指導高等學校宣傳、思想政治理論課教育教學和師德師風建設工作；指導高等學校和直屬事業單位出版物的監督管理；聯系協調全省各級各類學校及周邊環境治安綜合治理工作。
（四）政策法規處 。
研究教育改革與發展戰略並就重大問題進行政策調研；承辦全省教育系統法制建設和依法行政的有關工作；起草地方性教育法規規章草案；承擔有關規範性文件的審核、行政復議和行政應訴工作。
（五）人事處。
負責機關、直屬事業單位和廳屬高等學校、中專學校的機構編制、人事管理及相關人事制度改革工作；負責廳屬中專學校領導班子建設；指導高等學校和廳屬中專學校教師隊伍和管理人員隊伍建設，承擔高等學校和廳屬中專學校師資的綜合管理工作；承擔教育系統表彰獎勵有關工作。
（六）發展規劃處。
擬訂全省教育事業發展規劃和年度計劃並監督實施；規劃、指導全省高、中等學校管理體制改革和布局結構調整的有關工作，負責省屬高等學校以及師範、衛生類普通中專學校的設置、撤銷、更名等申報和審核工作；擬訂省屬高等學校、普通中專學校招生計劃以及高中階段教育指導性招生計劃；宏觀指導全省教育系統的基本建設工作，承擔廳屬高等學校和直屬事業單位的基建管理工作；承擔全省教育基本信息統計、分析和發布工作；指導高等學校和中專學校後勤社會化改革工作。
（七）財務處 。
參與擬訂教育經費籌措政策以及教育收費項目和標準；編制廳屬高等學校、中專學校和直屬事業單位經費預決算；參與管理省財政下達教育事業費、教育基建投資和教育附加；負責統計監測全省教育經費投入和使用情況；指導教育系統內部審計工作；指導廳屬學校和直屬事業單位財務、國有資產管理，並監督資本運營；承擔國（境）內外的教育援助和教育貸款的管理；參與義務教育經費保障機制經費管理；負責機關財務工作。
（八）基礎教育處。
承擔全省義務教育、普通高中教育、幼兒教育、特殊教育和民族教育的宏觀管理工作；擬訂全省基礎教育發展政策和基本教學文件；指導教育教學改革和教材建設，組織審定基礎教育地方課程教科書，規範基礎教育教材、教輔管理；指導中小學德育及校外教育工作；制定中小學及幼兒園評估標準並指導實施；指導中小學圖書館、實驗室設備配備和教學信息化工作。
（九）高等教育處。
統籌管理全省本專科層次的各類高等教育；負責高等教育教學的宏觀管理，組織實施高等學校學科專業目錄和指導文件；歸口管理高等學校專業設置工作；指導高等教育教學基本建設、教學質量評估和教學改革工作；指導高等學校圖書館和實驗室建設；指導各類高等繼續教育和遠程教育工作；參與高等教育發展規劃的制定、院校設置及高等教育招生制度改革等工作。
（十）職業與成人教育處 。
統籌管理全省中等職業教育和成人教育工作；指導中等職業教育、成人教育的教育教學工作；指導學校專業建設、課程建設、教材建設、實習實訓基地建設和圖書館、實驗儀器設備建設工作；指導農民文化技術教育、社區教育、職工教育以及掃除青壯年文盲工作；參與中等職業教育和成人教育發展規劃、結構調整、體制改革和師資隊伍管理工作；參與擬訂高中階段教育招生制度和中職學校家庭經濟困難學生資助的政策措施。
（十壹）民辦教育處。
承擔全省各級各類民辦教育統籌管理和綜合協調工作；擬訂鼓勵和規範民辦教育發展的政策措施並協調組織實施工作，負責民辦高等教育機構和院校辦學方向、辦學行為的監督檢查；負責民辦非學歷高等教育機構的設置與調整工作，參與民辦高等學歷教育院校的設置、調整和招生計劃審核、校（院）長任職的核準等工作；承擔民辦高等學校辦學管理；承擔民辦高等教育機構、院校招生簡章和廣告發布的審核備案工作；指導市、縣教育行政部門做好中等及以下民辦教育機構和學校辦學行為的監督指導工作。
（十二）師資處。
統籌全省中小學和中職學校教師隊伍建設工作，擬訂中小學和中職學校教師隊伍建設和繼續教育規劃；指導、協調中小學和中職學校教師繼續教育、資格認定、職稱評審和校長培訓工作；指導中小學機構編制、工資福利、人事制度改革工作；指導中小學和中職學校師德師風建設、教師權益保護以及城鎮教師支援農村教育工作。
（十三）省政府教育督導團辦公室 。
擬訂全省教育督導工作規章制度和政策措施；擬訂教育督導評估的標準、指標體系和方案，指導全省教育督導工作；負責對全省貫徹執行教育法律、法規、方針和政策情況的督導檢查；負責市、縣人民政府及有關職能部門履行教育工作職責情況的督導檢查；組織對全省中等及以下教育的督導檢查；負責省政府教育督導團日常工作。
（十四）高校學生處。
統籌指導全省各類高等學校學生管理工作；承擔普通高等學校畢業生離校前的就業指導和服務工作；參與擬訂普通高等學校和中專學校畢業生就業政策；參與實施國家急需畢業生的專項就業計劃；指導市縣教育行政部門開展大學生就業指導和服務工作；指導高等學校學生日常管理、獎懲以及心理健康教育工作；負責全省高等學校學生的學籍、學歷管理和電子註冊工作。
（十五）科學研究與研究生教育處(省政府學位委員會辦公室)。
統籌規劃和指導高等學校自然科學、哲學社會科學研究工作；組織協調高等學校承擔國家和省重大科研項目實施；指導高等學校重點學科、重點實驗室、工程研究中心、大學科技園、哲學社會科學研究基地及“211工程”建設；指導高等學校高新技術產業發展、“產學研”合作和知識產權工作；規劃、指導全省教育信息化工作；統籌管理全省研究生教育，指導高等學校和科研單位研究生培養工作；承擔和指導學位授予單位和學位點的審批、審核工作，承擔省學位委員會辦公室的日常工作。
（十六）體育衛生藝術教育處。
指導各級各類學校體育、衛生與健康教育、藝術教育、國防教育工作；擬訂相關政策和教育教學指導性文件，規劃指導相關專業教材建設和師資培養培訓；指導和協調大、中學生參加國家體育競賽和藝術交流活動；監督學校飲食衛生和公***衛生。
（十七）外事處 。
承擔教育國際合作與交流工作；管理出國留學和來皖留學工作；審核和參與監管涉外教育中介機構、中外合作辦學機構與項目、外籍教師工作；指導漢語國際推廣工作；審批在皖舉辦的外國教育展；承擔與香港、澳門特別行政區以及臺灣地區的教育交流與合作工作。
離退休工作處 負責機關離退休人員的服務管理工作，指導直屬單位離退休人員的服務管理工作。
機關黨委 負責機關和直屬單位的黨群工作。
省教育紀工委（監察專員辦公室） 受省紀委、省監察廳委托，負責協調指導全省教育系統的紀檢監察工作。