此外，上海代表處每年還需要填報《中華人民共和國非居民企業所得稅年度納稅申報表》，辦理企業所得稅匯算清繳。
壹般來說，外資企業代表機構的企業所得稅匯算清繳需要委托財務公司辦理，納稅申報表要在稅務局規定的時間報送。
法律依據
有兩種方式，壹種是8%的消費稅，壹種是按照總收入納稅。1.自營貿易是免稅的。
常駐代表機構只為其總機構進行聯絡談判、收集業務信息等準備性和輔助性活動，總機構直接與中國境內企業簽訂商品貿易合同，並能提供總機構與中國境內生產企業簽訂的購買商品合同和總機構向中國境內企業銷售商品的發票的，經當地稅務機關批準，其取得的商品購銷差價收入和其他收入，可以免稅。
2.總機構和代表處從事代理業務時應納稅所得額的確定。
常駐代表機構能夠提供有關資料和憑證，證明其部分代理業務是由其總機構在中國境外開展的，經當地稅務機關批準，可以暫按其收入的50%核定其在中國境內的應納稅額。
3.廣告代理業務的特別規定
從事廣告代理的常駐代表機構從事代理業務，合同、協議未明確約定服務費數額，且納稅人不能提供準確的證明文件證明實際取得數額的，可將合同、協議營業額的15%作為代表機構暫應取得的收入。
應計入代表機構經費的支出。
1.支付給中國境內外員工
(1)工資、薪金、津貼和福利費
(2)商品采購費
(3)通訊費
(4)差旅費
(5)租金
(6)設備租賃費
(7)運輸費用
(8)通訊費用
註:境外支出需提供總公司及註冊會計師的簽字文件。
2.中國境內機構為總機構支付的下列費用:
(1)總公司從中國購買樣品支付的樣品費和運輸費；
(二)外國樣品運至中國境內發生的倉儲費用和報關費用；
(3)總公司來華訪問人員的翻譯費；
(四)代表處為購買總公司在中國的項目招標而支付的費用；
(5)總公司代表團來華進行商務談判或簽約。
代表處支付的費用。
3.代表處的存款利息收入不得沖抵支出。
允許扣除的所有費用和開支
1.外國企業常駐代表機構在中國境內從事中介服務取得的回扣收入，如果在合同中寫明該收入分別由常駐代表機構和境內企業收取，並能提供相關文件和憑證的，可以允許支付給境內企業的回扣收入在計算所得稅前列支。
2.常駐代表機構為總機構支付的下列費用:
(1)常駐代表機構因總公司邀請而預付的人員費用；
(2)總公司組織的代表團訪華時，常駐中國代表機構支付的食品、住宿、交通和社交應酬費用。但不包括為代表團來華商務洽談或簽約而預付的上述費用；
(3)總公司在國內舉辦大型展覽會時，有代表處預付的展覽費、樣品關稅、國內運輸費等相關費用；
(四)代表處為總部在中國舉辦的與商務談判或簽訂貿易合同無關的研討會支付的會議場地租金；
(5)總公司根據我國有關法律法規需要對向中國銷售某些特殊商品進行登記，但代表處代廠商支付的登記費和駐華代表處為其總公司以外的其他公司支付的廣告費，如果能提供廠商已償還預付款的證明文件，則不能視為代表處的費用；
(6)代表處因違反總公司與中國有關部門簽訂的合同而支付的貿易賠償；
(七)中國境內總部為在中國境內提供勞務而帶入中國境內的工具支付的押金和保證金。
3.代表機構各種稅收的滯納金和罰款可以不計入支出。