根據上述主要職責，重慶市萬州區地方稅務局機關設職能科（室）10個。
1、辦公室
負責處理機關日常政務，起草、審核、印發有關文件和報告；負責組織會議、督辦檢查、秘書事務、政務調研、文書檔案、信息、信訪、保密、安全保衛、目標管理、稅收宣傳、辦理議案、建議、提案工作；管理機關經費、裝備、基建和國家資產及對外聯系、接待工作，負責辦公自動化工作，擬定地方稅收工作中長期規劃。
2、稅收管理壹科
負責營業稅、文化建設事業費和企業所得稅、個人所得稅的征收管理工作，擬定具體的征收管理辦法並監控收入任務完成情況；負責相關稅收政策的調研，受理和審核有關稅收減免和延期繳納工作。
3、稅政管理二科（掛社會保險費征收科牌子）
負責資源稅、土地增值稅、屠宰稅、房產稅、城市維護建設稅、車船使用稅、城鎮土地使用稅、印花稅、筵席稅及教育費附加、交通重點建設附加費和養老保險費、失業保險費、醫療保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費的征收管理工作；擬定具體征收管理辦法並監控收入任務完成情況；負責相關稅費征收管理政策的調查研究，受理和審核有關稅收減免和延期納稅工作。
4、征收管理科
負責執行稅收征管法律、法規和規章，制定地方稅收征管具體制度和辦法；負責稅務登記、納稅申報、委托代征、代扣代繳、協稅護稅、稅收資料管理和征管質量檢查考核工作；管理地方稅務發票，劃分和裁定地方稅收征管範圍。
5、政策法規科
負責行政執法監督工作和稅收執法責任制、執法過錯責任制的組織實施；承擔重大稅收案件審理的日常工作；辦理行政復議、行政訴訟、行政賠償及追償和行政處罰聽證及行政處罰工作；負責稅收案件的備查備案工作；稅收法律普及、培訓和稅收政策調研工作；承擔《地方稅務公報》的征訂工作。
6、稅務檢查科
擬定並組織實施稅務檢查制度、辦法，統壹管理稅收日常稽查、專項稽查、專案稽查工作；負責稅務稽查計劃的審查工作；組織實施稅務稽查案件的復查；負責協調處理地方稅涉稅案件的移送工作，承辦涉稅案件舉報工作；負責稅務稽查的報表、統計工作。
7、計劃財務科
負責編制、分配稅收計劃，組織並檢查稅款入庫工作；制定稅收計劃和統計工作制度，對稅收數據進行統計分析；負責稅收票證和財務管理工作，負責本局的財務、裝備、基建和資產管理工作，辦理各項經費的領撥，組織實施內部審計工作。
8、計算機應用管理科
制定計算機應用管理發展規劃，建立、管理和維護計算機網絡，組織實施稅收電子化工程，負責軟件的開發、推廣、應用和技術培訓工作，擬制各項稅收信息技術管理制度。
9、人事教育科
負責機構、編制、人員考核、任免、獎懲、調配、工資、福利等人事管理工作；負責離、退休幹部的管理工作；負責思想政治教育、精神文明建設、爭先創優、基層建設和政治業務培訓工作；承擔黨務、工會、青年、婦女、計劃教育工作。
10、監察室
負責黨風廉政建設、領導幹部廉潔自律、查辦違法違紀案件、糾正行業不正之風、執法監察、監督檢查和廉政教育工作；受理監察、處理申訴，組織、協調科、所長的經濟責任審計工作。 萬州區地方稅務局設置基層征管機構25個。
1、直屬單位
（1）萬州區地方稅務局直屬局
負責區屬企事業單位、黨政機關、社會團體地方各稅、附加和社會保險費的征收管理工作。完成區局下達的稅收計劃任務。負責本單位人員的日常教育、培訓和行政事務管理、精神文明建設和黨風廉政建設；負責區局交辦的其他工作。
（2）萬州區地方稅務局稽查局
負責對轄區內的納稅人、扣繳義務人的繳納、稅務登記、發票印制、管理使用情況進行稽查；負責受理壹般涉稅案件的審理和地方稅偷稅、騙稅、抗稅的舉報案件，查處偷稅、騙稅、抗稅及其他重大稅務違法案件，配合公安機關打擊稅收違法犯罪案件；負責本單位人員的日常教育、培訓和行政事務管理、精神文明建設和黨風廉政建設；負責區局交辦的其他工作。
2、派出單位
（1）萬州區地方稅務局龍寶分局
（2）萬州區地方稅務局天城分局
（3）萬州區地方稅務局五橋分局
以上各分局受重慶市萬州區地方稅務局委托，代管本轄區內的稅務所、稽查隊。負責管理地方各稅、附加及社會保險費的征收管理工作。完成區局下達的稅收計劃任務。負責本單位人員的日常教育、培訓和行政事務管理、精神文明建設和黨風廉政建設；負責區局交辦的其他工作。
3、基層征管單位
（1）萬州區地方稅務局龍寶稅務所
（2）萬州區地方稅務局白巖稅務所
（3）萬州區地方稅務局雙河稅務所
（4）萬州區地方稅務局涼風稅務所
（5）萬州區地方稅務局龍沙稅務所
（6）萬州區地方稅務局武陵稅務所
（7）萬州區地方稅務局周家壩稅務所
（8）萬州區地方稅務局枇杷坪稅務所
（9）萬州區地方稅務局李河稅務所
（10）萬州區地方稅務局分水稅務所
（11）萬州區地方稅務局董家稅務所
（12）萬州區地方稅務局余家稅務所
（13）萬州區地方稅務局五橋稅務所
（14）萬州區地方稅務局新田稅務所
（15）萬州區地方稅務局白羊稅務所
（16）萬州區地方稅務局長灘稅務所
（17）萬州區地方稅務局龍駒稅務所
以上各稅務所負責受理本經濟區劃內地方稅務的納稅申報；負責稅款征收、計劃會計、統計分析；負責稅法宣傳、稅務咨詢、稅務登記、負責認定、管理、核定申報方式和發票管理發售；負責稅款結算，各種基金和社保費的征收，辦理減免抵緩、退稅報批手續；負責重點稅源的管理；負責逾期加收滯納金和收繳補稅罰款，完成上級下達的稅收任務和交辦的其他工作；負責本所人員的日常教育和管理，精神文明建設、黨風廉政建設。
（18）萬州區地方稅務局龍寶分局稽查隊
（19）萬州區地方稅務局天城分局稽查隊
（20）萬州區地方稅務局五橋分局稽查隊
以上各稽查隊負責本轄區的納稅人、扣繳義務人的繳納、稅務登記、發票印制、管理使用情況進行稽查；負責壹般涉稅案件的審理和受理地方稅偷稅、騙稅、抗稅的舉報案件，查處偷稅、騙稅、抗稅及其他重大稅務違法案件，配合公安機關打擊稅收違法犯罪案件；負責本單位人員的日常教育管理，精神文明建設和黨風廉政建設。完成上級交辦的其他工作。