實用新型專利的采用周期在壹年左右，發明專利的采用周期更長，需要兩到三年。大部分知識產權不足，又急於申請高額費用的企業，想要保證“擁有自主知識產權”最快獲得加分的方法就是選擇軟申請。企業純粹為了高申報而申請軟作品，知識產權關聯度低，甚至軟作品與R&D項目和產品的關鍵技術完全脫節，導致企業知識產權得分低。
在新的工作指南中，科技成果轉化能力由技術專家打分，綜合評價企業科技成果轉化的整體情況。沒有明確統壹的衡量標準。對於企業來說，成果轉化越多越好。成果與產品的相關性和有效轉化也是高分關註的重點。
技術成果是什麽，如何轉化，在哪個產品中應用，效果如何，是否產生效益等。這些都是企業需要詳細描述的要點。有的企業“強行轉型”，知識產權與項目、產品嚴重不匹配，成果幾乎與產品無關，妳再怎麽巧舌如簧也無濟於事。
新的工作準則加強了企業，特別是鄉鎮技術企業對社保人員的檢查。很多新成立的公司為了省錢，往往不給核心創業者甚至初創團隊的員工繳納社保，把錢省下來用於產品研發、生產和銷售。
另外，近兩年新成立的企業，主要是技術型人才創辦的，技術相對先進，但財務管理相對寬松。由於網上支付的發展，現在很多企業在網上收款直接入賬，即使進入公司賬戶也很少開發票，導致賬目混亂。
在後補材料中，往往很容易看到制度中寫明有具體的獎勵和激勵金額，但沒有獎金、匯款或現金收據的證據，使得審計專家對其各項管理制度產生懷疑，導致扣分。
對於中小企業和第壹次申請的企業來說，對具體政策和申請流程理解不透徹，準備申請材料的經驗不足，也是壹大難點。團隊缺乏實踐經驗，不清楚如何準備材料。