員工購買商業保險取得增值稅發票能否抵扣要根據保險的險種與用途確定。員工購買商業保險取得增值稅發票能否抵扣情形如下：
第壹，企業職工因公出差乘坐交通工具發生的人身意外保險費支出，屬於購進旅客運輸服務，不可以抵扣增值稅。
第二，公司繳納的雇主責任保險是壹種財產保險，雇主責任險保障的是雇主，即企業。因此，取得專票，可以抵扣進項稅額。
第三，公司為全體員工購買的人身意外傷害險，應屬於集體福利，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
第四，為特殊工種職工支付的人身安全保險費不屬於職工福利費性質，取得相關增值稅專用發票等抵扣憑證，可以按規定抵扣進項稅額。
員工購買商業保險個人所得稅扣除情形如下：
第壹，國家稅務總局公告2016年第80號《國家稅務總局關於企業所得稅有關問題的公告》第壹條規定：關於企業差旅費中人身意外保險費支出稅前扣除問題企業職工因公出差乘坐交通工具發生的人身意外保險費支出，準予企業在計算應納稅所得額時扣除。
第二，《中華人們***和國企業所得稅法實施條例》第四十六條規定，企業參加財產保險，按照規定繳納的保險費，準予扣除。
第三，《中華人民***和國企業所得稅法實施條例》規定，除企業依照國家有關規定為特殊工種職工支付的人身安全保險費和國務院財政、稅務主管部門規定可以扣除的其他商業保險費外，企業為投資者或者職工支付的商業保險費，不得扣除。
擴展資料：
《財政部、國家稅務總局關於全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2016〕36號)附件1：《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第二十七條規定，下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：
第壹，用於簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、加工修理修配勞務、服務、無形資產和不動產。其中涉及的固定資產、無形資產、不動產，僅指專用於上述項目的固定資產、無形資產不動產。納稅人的交際應酬消費屬於個人消費。
第二，非正常損失的購進貨物，以及相關的加工修理修配勞務和交通運輸服務。
第三，非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物(不包括固定資產)、加工修理修配勞務和交通運輸服務。
第四，非正常損失的不動產，以及該不動產所耗用的購進貨物、設計服務和建築服務。
第五，非正常損失的不動產在建工程所耗用的購進貨物、設計服務和建築服務。納稅人新建、改建、擴建、修繕、裝飾不動產，均屬於不動產在建工程。
第六，購進的旅客運輸服務、貸款服務、餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務。
第七，財政部和國家稅務總局規定的其他情形。
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百度百科-國家稅務總局關於企業所得稅有關問題的公告