1、不按時限納稅申報，情節較輕的，除補繳稅款外，稅務機關將對企業會罰款，如果超期更長的，將還會加收滯納金；對於情節嚴重的，稅務機關將根據情節嚴重程度，出於相應的更高金額的罰款；
2、連續3個月不到稅務登記機關納稅申報的，稅務登記機關將對該企業的稅務登記證給於註銷的處理；
3、公司所有股東的身份證信息將被相關登記機關收錄，進入黑名單。對以後的貸款、再次投資創業、出國等都將受到影響。
進行納稅申報需要準備壹些材料方可：
1、開具的稅控機動車銷售統壹發票和普通發票的存根聯；
2、符合抵扣條件且在本期申報抵扣的增值稅專用發票（含稅控機動車銷售統壹發票）的抵扣聯；
3、符合抵扣條件且在本期申報抵扣的海關進口增值稅專用繳款書、購進農產品取得的普通發票的復印件；
4、符合抵扣條件且在本期申報抵扣的稅收完稅憑證及其清單，書面合同、付款證明和境外單位的對賬單或者發票；
5、已開具的農產品收購憑證的存根聯或報查聯；
6、納稅人銷售服務、不動產和無形資產，在確定服務、不動產和無形資產銷售額時，按照有關規定從取得的全部價款和價外費用中扣除價款的合法憑證及其清單；
7、主管稅務機關規定的其他資料。
綜上所述，納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報的，由稅務機關責令限期改正，並可處二千元以下的罰款，若情節嚴重的，可以處二千元以上壹萬元以下的罰款。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》第二十五條
納稅人必須依照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限、申報內容如實辦理納稅申報，報送納稅申報表、財務會計報表以及稅務機關根據實際需要要求納稅人報送的其他納稅資料。
扣繳義務人必須依照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限、申報內容如實報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表以及稅務機關根據實際需要要求扣繳義務人報送的其他有關資料。