明朝前身——西吳時期（1364年-1368年）
統治全國——明朝時期（1368年-1644年）
江南半壁——南明時期（1644年-1662年）
最後余波——明鄭時期（1662年-1683年）
蒙元的統治日益殘暴黑暗，元順帝（元惠宗）統治時期，韓山童、劉福通、徐壽輝等爆發了紅巾軍起義。朱元璋參加了紅巾軍，他南征北戰。1364年，朱元璋自稱為吳王，史稱西吳政權。1368年，朱元璋稱帝，以應天府（南京）為京師，國號大明，年號洪武，建立了明朝。朱元璋就是明太祖。不久他又命徐達、常遇春等大將北伐蒙元，攻占大都（北京），元順帝北逃，元朝在中國98年的統治宣告結束。明朝***有二十位皇帝（包括南明四帝）。明朝的領土曾囊括清朝時期所謂內地十八省之範圍，並曾在今東北地區、新疆東部、西藏等地設有羈縻機構。明初以應天府（今南京）為京師，明成祖永樂十九年（1421年）遷都北京，南京應天府改為留都。
明朝初年國力強盛，北進蒙古，南征安南，明英宗幼年即位時，朝中有“三楊”楊溥、楊士奇、楊榮主持政局，“海內清平”。至正統七年，宦官王振開始擅權；正統十四年發生土木堡之變，永樂以來的軍事優勢遭到破壞，並使國力大損，但景泰皇帝任用於謙擊敗瓦剌。弘治時期是明中期政治作為清明的時期，歷史上稱為“弘治中興”。正德、嘉靖朝始逐漸中衰，社會矛盾萌發，並面臨蒙古、倭寇兩大外患。隆慶年間，俺答進貢，開放海禁。明神宗萬歷朝初期在名相張居正的輔政之下曾壹度中興。後世計當代朝廷歲收，明朝的經濟規模可稱世界第壹。惟至萬歷朝中期始，皇帝怠政，官員更加腐化，地主階級到處搜刮民脂民膏，導致江南民變的發生，關外滿族作亂，財政惡化的明朝開始走向衰亡。天啟年間，中官黃門集團的專政加快了這壹進程的發展。至崇禎年間，人民紛紛揭竿而起，後金（滿清的前身）的軍隊也突破長城防線，五入關內。明崇禎十七年（1644年），陜西榆林人李自成率軍攻占北京，崇禎帝自縊，明朝在全國統治宣告結束，同年清軍入關。之後明朝宗室相繼在江南建立明朝政府，史稱南明，明永歷十六年（1662年），降清明將吳三桂將永歷帝絞殺於雲南昆明，南明滅亡。但臺灣鄭氏集團繼續沿用永歷年號，建立明鄭政府，直到明永歷三十七年（1683年）降清明將施瑯進攻臺灣，鄭氏投降，明朝監國寧靖王朱術桂自殺殉國，明祚告終。
明朝經濟文化在中國歷史上屬於較發達階段。明朝早期君主集權強化，皇帝大權獨攬。但是在宣德以後，皇權開始削弱，權力在內閣與宦官之間爭奪。從明朝末年滿清初年開始，西方伴隨著文藝復興、地理大發現和宗教改革，在世界的地位開始與東方平起平坐,並逐漸超越中國。同時，西學也隨著壹批傳教士來到中國，為東西文化的交流開辟了窗口與機會。
西吳（1364-1368）
元朝末年，政治腐敗，蒙古統治者爭權奪利，百姓怨聲載道，包括漢族在內的廣大人民受到空前壓迫。國庫也日漸空虛。351年，朝廷征調農民和兵士十幾萬人治理黃河水患。“治河”和“變鈔”成為民變的導火線，導致紅巾軍起義的爆發。
1351年5月，韓山童、劉福通領導紅巾軍起義爆發。次年，郭子興響應，聚眾起義，攻占濠州（今安徽鳳陽）。不久，貧苦農民出身濠州人朱元璋受湯和邀請投奔郭子興，屢立戰功，受郭子興器重和信任，並娶郭子興養女馬氏為妻。之後，朱元璋離開濠州，發展自己的勢力。1355年，劉福通立韓山童之子韓林兒為帝，稱小明王，國號大宋，年號龍鳳，以亳州為都城。郭子興病故後朱元璋統率郭部，任小明王左副元帥。龍鳳二年（1356年），朱元璋率兵占領集慶（今江蘇南京），改名為應天府，並攻下周圍壹些軍事要地，獲得了壹塊立足的基地。此時的朱元璋處境艱難。朱元璋采納謀士朱升“高築墻，廣積糧，緩稱王”的建議。龍鳳六年（1360年），通過鄱陽湖水戰，陳友諒勢力遭到巨大打擊。次年，小明王封朱元璋為吳國公。龍鳳九年（1363年），陳友諒勢力被完全消滅。龍鳳十年（1364年）朱元璋自稱吳王，史稱西吳王，與位於平江（今江蘇蘇州）的東吳王張士誠相區別。龍鳳十二年（1366年）小明王沈於江中溺死，朱元璋將明年改為吳元年。吳元年（1367年），朱元璋攻下平江，張士誠自盡，之後朱元璋又滅割據浙江沿海的方國珍。1368年正月，朱元璋在應天稱帝，建立明朝，改元洪武，之後趁蒙元內鬥之際進行北伐和西征，同年攻占大都（今北京），元順帝北逃。之後朱元璋繼續消滅位於四川的明玉珍勢力和據守雲南的元朝梁王。又深入沙漠，進攻北元。天下至此初定。
明朝（1368－1644）
洪武時期
明朝建立後，朱元璋壹方面減輕農民負擔，恢復社會的經濟生產，懲治貪汙的官吏，收到壹定的效果。朱元璋確立了裏甲制，配合賦役黃冊和魚鱗圖冊的施行，落實賦稅勞役的征收及地方治安的維持。朱元璋平定天下後，大封功臣。但是朱元璋性格多疑，也對這些功臣有所猜忌，恐其居功枉法，圖謀不軌。而有的功臣也越過禮法，為非作歹。朱元璋藉此兩興大獄，即“胡藍黨獄”，幾乎將功臣全部誅殺。
靖難之役與永樂時期
朱元璋分封諸子為藩王，以加強邊防、保衛皇位。藩王之中，北方藩王勢力較強，主要是對蒙古的邊防任務。又尤以燕王朱棣和晉王勢力最大。對皇權構成極大威脅。
朱元璋死後，皇太孫朱允炆繼位，是為惠宗，年號建文。建文帝立刻與親信大臣齊泰、黃子澄等密謀削藩。周王、代王、齊王、湘王、岷王等先後或被廢為庶人，或被殺。同時以邊防為名調離燕王的精兵，準備削除燕王。結果燕王朱棣在姚廣孝的建議下以“清君側”的名義，發動靖難之役，最終占領了南京，建文帝在宮城大火中下落不明。朱棣勝利，靖難之役告終。朱棣革除建文年號，繼續使用“洪武”紀年，即建文四年改為洪武三十五年，次年改元永樂。同時下令盡復建文朝所改的壹切成法和官制。永樂元年，朱棣登基，是為明成祖（明仁宗時定廟號為太宗，明世宗於嘉靖十七年九月改廟號為成組）。
成祖即位之後，武功昌盛，先是出擊安南。後又親自五入漠北攻打蒙古以絕後患。在文治上，成祖下令編寫《永樂大典》。三年即成。《永樂大典》有22877卷，又凡例、目錄60卷，11095冊，引書達七八千種，字數約有三億七千多萬，且無刪節。永樂三年始，朱棣派鄭和下西洋，規模空前，擴大了明朝的影響力。永樂元年（1403年），成祖下詔將北平改名北京，稱行在，並設立北京國子監等衙門。永樂五年（1407年），下詔在北京修建宮殿。永樂七年（1409年），成祖巡幸北京，在北京設立六部與都察院，並在北京為逝世的徐皇後設立陵寢，已經顯示遷都的跡象。經過十幾年的經營，北京初步得到了繁榮。1416年，朱棣公布遷都的想法，得到認同。永樂十五年開始大規模營造北京，永樂十八年宣告完工，永樂十九年正式遷都。
但是成祖同樣對異議者大肆殺戮，諸如黃子澄、齊泰等建文舊臣等都被殺。其中以方孝孺的“誅十族”和景清的“瓜蔓抄”最為慘烈。另外他還設置了另外壹個特務組織——東廠。明代廠衛制度確立。
仁宣之治
明成祖死後，太子朱高熾即位，是為明仁宗。明仁宗實行休養生息政策，以積蓄民力。他還鼓勵生產，寬行省獄。之後的明宣宗繼續實行以仁政治國的方針，使國力進壹步強大，史稱“仁宣之治”。然而在這壹時期打破了太祖留下的太監不得幹政的規矩，壹些太監開始幹政，為明中期的宦官專權埋下隱患。
土木堡之變與英宗復辟
宣德十年（1435年），9歲的明英宗朱祁鎮繼位。在張太皇太後及元老重臣楊士奇、楊溥、楊榮（三楊）的輔佐下，明朝繼續沿著仁宣時期的路線穩步前進。正統七年（1442年）太皇太後死，三楊也退出政治舞臺，於是英宗寵信的宦官王振更加專橫跋扈，開始專權。
正統初年，蒙古瓦剌部逐漸強大，經常在明朝邊境壹帶生事。瓦剌首領也先在正統十四年（1449年）七月南下攻明。王振即挾英宗領兵五十萬親征。大軍離京後，兵士乏糧勞頓。八月初大軍才至大同。王振得報前線各路潰敗，懼不敢戰，又令返回。回師至土木堡時，被瓦剌軍追上，兵士死傷過半，隨從王公大臣或死難或被俘。而英宗突圍不成被俘，王振也被護衛將軍樊忠打死，此即為土木堡之變。
土木堡之變的消息來到京師後，朝中混亂。壹些大臣要求遷都南京，被兵部侍郎於謙駁斥。繼而大臣擁戴英宗弟朱祁鈺即位，是為代宗，改元景泰。同時於謙積極備戰。同年十月，瓦剌軍直逼北京城下，安置英宗於德勝門外土關。瓦剌軍隊的進攻未果，大敗逃走。也先見繼續綁架英宗已無意義，乃於次年八月釋放英宗。但代宗先是不願遣使迎駕，又把英宗放在南宮軟禁，並廢皇太子朱見深（英宗之子，後來的憲宗）為沂王，立自己的兒子朱見濟為太子。不久之後，朱見濟病死，代宗也遲遲不恢復朱見深為太子。景泰八年正月，代宗病危。十六日，副都禦史徐有貞率軍夜入南宮，擁戴英宗奪門（東華門）復位，改元天順。又殺害於謙及大學士王文，誣陷其欲立襄王之子為帝。此為奪門之變，又號“南宮復辟”。
憲宗時期
英宗復辟八年而死，兒子朱見深即位，是為明憲宗。成化二年諭祭於謙，復其子冕官，成化十壹年恢復代宗帝號。又能體諒民情，勵精圖治，儼然為壹代明君。琉球、哈密、暹羅、土魯番、撒馬兒罕等國紛紛入貢。但好景不長，憲宗好方術，終日沈溺於後宮，與比他大18歲的萬貴妃享樂，並寵信宦官汪直、梁芳等人，他們肆意揮霍國庫，導致國政大亂。而朝廷中佞臣當道，政局昏暗。憲宗還設置皇莊，開明代土地兼並之先河。另外，憲宗還開始了皇帝直接頒詔令封官的制度，是為傳奉官。結果傳奉官泛濫，舞弊成風。直到孝宗時期這些官員才全被裁撤。宦官汪直受到憲宗的寵信，張狂跋扈，設置特務組織西廠大肆冤殺普通民眾與官員。民憤四起，但汪直依然握有大權。成化十八年（1482年），汪直才因言官彈劾而被貶。
弘治中興
憲宗死後，明孝宗朱佑樘即位。由於孝宗自幼生於微寒，所以孝宗在位期間“更新庶政，言路大開”，使英宗朝以來奸佞當道的局面得以改觀，被譽為“中興之令主”孝宗的勵精圖治，被稱為弘治中興。雖末年寵信宦官李廣，但是立刻改過自新，歷代史學家對他評價極高。 孝宗在位期間，先是將憲宗期間留下的壹批奸佞冗官盡數罷去，逮捕治罪。並選賢舉能，將能臣委以重任。孝宗勤於政事，每日兩次視朝。孝宗對宦官嚴加節制，特務部門也只能謹慎行事，用刑寬松。孝宗力行節儉，不大興土木，減免稅賦。用情專壹，壹生除了張皇後外無任何妃嬪。在其治理下，弘治壹朝期間政治清明，百姓富裕。
武宗亂政
弘治十八年五月，孝宗病死。十五歲的太子朱厚照即位，是為武宗，改元正德。武宗本性貪圖享樂，整日與內臣沈湎於聲色犬馬之中。劉瑾、馬永成、谷大用、魏彬、張永、丘聚、高鳳、羅祥等八位過去的東宮宦官相互勾結，是為“八虎”。八虎想盡辦法奉迎阿上，導引皇帝逸樂，殘害忠良，導致朝政再次腐敗。八虎之中的劉瑾獨攬大權，將自己的黨羽延攬入閣，還想方設法滿足武宗的玩樂需求，建造豹房供其淫亂。但是劉瑾的專權也引發了朝中大臣壹其它“七虎”的不滿。最終劉瑾被判淩遲3357刀處死。但是，武宗依然不思朝政，又開始信用佞臣江彬。
武宗的荒遊逸樂導致正德年間土地兼並激烈，階級矛盾和統治集團內部矛盾加深，因此變亂頻生，先後發生寧夏安化王朱寘鐇謀反、直隸劉六、劉七起義、江西寧王朱宸濠謀反等重大事件。正德十五年，武宗於南直隸清江浦（江蘇淮安）泛舟取樂時落水染病。正德十六年（1521年）三月武宗去世。
嘉靖隆慶二朝
武宗無子嗣無兄弟。死後由孝宗弟興獻王長子朱厚熜即位，是為明世宗。世宗壹即位，罷黜各地鎮守太監，整頓稅收，節儉財政，似乎要有所作為。但是大禮議事件嚴重損害了朝政：世宗要求稱生父為皇考，稱孝宗為皇伯考。但內閣首輔楊延和、禮部尚書毛澄等堅持以為不可，但是也有壹些大臣紛紛迎合帝意。最後世宗尊其生父恭睿淵仁寬穆純聖獻皇帝，廟號睿宗。這樣睿宗神主就升祔太廟，而躋於武宗之上（隆慶元年，罷睿宗明堂配享）。大禮儀引起軒然大波，朝臣中反對者均受打擊，或被罷官，或被入獄。受杖者壹百八十余人，杖死者十七人。同時，世宗奉道教，信用方士，濫用公帑，揮霍無度，並在宮中日夜祈禱。先是將道士邵元節入京，封為真人及禮部尚書。邵死後又大寵方士陶仲文。自嘉靖二十壹年（1542年）“壬寅宮變”後世宗即不視朝。此後寵臣嚴嵩專政20余年，朝政腐敗黑暗到極點。
嘉靖壹朝，國家外患不斷。北面韃靼部趁明朝衰弱而占據河套。嘉靖1550年，韃靼首領俺答汗進犯，在北京城郊大肆搶掠之後西去，明軍在追擊中大敗，此為庚戌之變。穆宗時，明朝與蒙古通好，俺答被封為順義王。在南部海疆，倭寇橫行，人民生活生產受到嚴重破壞。但是後為戚繼光、胡宗憲、俞大猷剿滅。
世宗去世後，皇子朱載垕即位，是為明穆宗，改元隆慶。穆宗在位六年，任用能臣如高拱、徐階、張居正等，內政形勢總體較佳。為萬歷初年的中興奠定了基礎。雖然這兩朝的政治腐化加劇，但經濟仍有發展。
張居正改革
隆慶六年，明穆宗突然中風駕崩，子朱翊鈞繼位，是為神宗，改元萬歷。由於神宗年幼，於是由太後攝政。重臣高拱由於與太後信任的宦官馮保對抗而被罷官，相反張居正得到馮保的鼎力支持。
張居正輔政十年，推行改革，在內政方面，提出“尊主權，課吏職，行賞罰，壹號令”，推行考成法，裁撤政府機構中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行壹條鞭法，減輕農民負擔。洪武年間，全國耕種田地有八百五十萬零七千六百卅二頃。到了弘治十五年（1502年）降低到四百二十二萬八千零五十八頃。而萬歷九年經過張居正的治理後達到七百零壹萬三千九百七十六頃。軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，重用抗倭名將戚繼光總理薊、昌、保三鎮練兵，使邊境安然。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時嚴懲貪官汙吏，裁汰冗員。
張居正改革後，萬歷初年呈現出太平盛世的景象。張居正逝世之後，中興之象消失。明王朝從此走上了衰敗之路。
萬歷怠政
張居正死後初期，神宗尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。萬歷十四年後，神宗就開始連續不上朝。萬歷十七年元旦後，神宗以日食為由免去元旦朝賀。此後每年元旦神宗再也不視朝。自萬歷十六年後，常朝也經常看不到神宗。神宗整日在深宮中不理政事，沈浸在花天酒地之中。每年還進行選美。神宗還好營建，經常大興土木。在他廿壹歲時就開始籌建陵園。萬歷十七年，大理寺左評事雒於仁上疏，稱神宗沈湎於酒、色、財、氣，結果被貶為民。神宗還派礦監和稅監搜刮民間財產，導致多處民變發生。由於神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。萬歷三十年（1602年），南北兩京***缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。神宗委頓於上，百官黨爭於下，政府完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事布局而已。
萬歷朝包括援助朝鮮王朝抵抗日本侵略的壬辰倭亂、平定寧夏哱拜之亂、平定貴州楊應龍之亂的萬歷三大征都取得了勝利。萬歷四十六年（1618年），後金努爾哈赤以“七大恨”告天，誓討明朝。次年在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝對女真從此轉為戰略防禦。
魏忠賢亂政
泰昌元年(1620)，光宗駕崩。長子朱由校繼位，是為明熹宗，改元天啟。熹宗文化水平不高，又喜歡木匠工作。閹黨魏忠賢趁勢而起，結黨亂政，明朝社會更加黑暗。
但是在深層次的站在中立的立場來評價，其實所謂的“魏忠賢亂政”，是明朝文官集團中占有優勢數量的“東林黨”和“浙黨”、“齊黨”、“魯黨”為了各自的利益所引發的。皇帝企圖通過內廷與朝中少數派的官員聯合起來，從東林黨把持的內閣中爭奪權力的鬥爭。這種鬥爭隨著天啟皇帝病逝而最後告終。天啟皇帝死後，崇禎皇帝又開始起用“東林黨”官員，不久魏忠賢被皇帝調到鳳陽看守皇陵，魏忠賢上吊自殺。
內憂外患
天啟七年，熹宗死去。繼任熹宗的是其弟信王朱由檢，是為思宗（明安宗初謚為思宗，後改為毅宗，明紹宗謚為威宗），年號崇禎。他即位後，銳意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宮外。時機成熟後，崇禎帝下令魏忠賢去鳳陽守陵。魏忠賢在前去過程中得知被崇禎帝已派錦衣衛來逮捕他，便與黨羽李朝欽壹起自縊。崇禎帝將其首級懸於河間老家。同時將客氏押到浣衣局處死。閹黨其它分子也被貶黜或處死。閹黨專權雖然結束，但其後朝中又黨爭不斷，崇禎帝對朝政又開始失望。為中興國政，他開始加強集權，力圖控制百官，任用宦官來貫徹自己的革新意誌。
1629年（明朝後期地圖(崇禎年間)崇禎二年）10月，後金汗皇太極由蒙古人做向導親率大軍，通過喜峰口，從龍井關突破長城，攻陷遵化、灤州、永平、遷安四座國防要塞，直逼帝都。由於人事變動，朝廷壹度失去了對遼西邊防軍的控制，而衛戍帝都之三大營為後金武力威懾，北京城外園亭莊舍被入侵者蹂躪殆盡。 同年12月，崇禎帝詔令天下兵馬進京勤王。
1630年（崇禎三年），帝以“咐托不效，專恃欺隱，以市米則資盜，以謀疑則斬帥”等罪名將負責遼東軍務的袁崇煥處死。同年，後金大軍直抵北京城外，明廷大震，重慶女總兵秦良玉挺身而出，率領“白桿兵”主動向八旗軍發起進攻。在北京永定門外，皇太極派出多爾袞部迎戰秦良玉部。這壹仗，秦良玉率白桿兵在孫承宗等老將的配合下戰勝鐵蹄騎兵。之後，秦良玉又趁風雪之夜成功偷襲皇太極大本營。迫使雄心勃勃的皇太極不得不連棄灤州、永平、遷安、遵化四城，無功而返，退出關外。
1640年清軍攻打錦州，崇禎帝派洪承疇帶八路總兵率剛剛鎮壓中原起義的十三萬大軍出關援錦，在松山大戰清軍，是為“松錦大戰”。結果明軍敗。洪承疇降清。關外遼東地區至此基本全數淪陷。
1641年，李自成攻陷洛陽，殺福王朱常洵。1643年十月年李自成攻破潼關，十壹月占領西安。張獻忠領導的農民軍主要在南方發展，先是控制了湖廣地區，之後又改進攻四川，是為大西政權。1644年李自成在西安宣布建國，國號大順，年號永昌。崇禎十七年三月，農民軍攻陷大同、宣府、居庸關。十八日，農民軍攻克北京外城。次日淩晨，崇禎帝在北京煤山自縊，明朝在全國統治宣告結束。
南明（1644－1662）
弘光政權
1644年四月廿壹日，李自成親率部隊與吳三桂在山海關外的壹片石大戰，但由於清軍參戰，李自成大敗。四月廿九日，李自成在武英殿匆匆即皇帝位，深夜便焚燒宮殿與九門城樓，向西撤退。之後，農民軍接連內訌，戰鬥力大損，與清軍交戰時也連連失敗。五月初二，清攝政王多爾袞進京。八日，順治進北京。北京開始成為清廷都城。而在南京明朝設有形式上的基本的政府機關。1644年五月初三日，崇禎皇帝的堂兄弟福王朱由崧被推為監國。十二天後，朱由崧即皇帝位，是為安宗，以次年為弘光元年。弘光政府內鬥不斷，內部由閹黨余孽專權，實行“聯虜平寇”的錯誤國策，弘光帝也不理政事沈湎在酒色。清軍壹路南下，攻克中原，很快就到了史可法鎮守的揚州城，史可法死守七日七夜，城破，史可法被殺，清軍隨後在揚州進行整整十日的大屠殺，史稱揚州十日，死難者達80萬。之後，清軍渡江，攻破南京。弘光帝被俘，押解到北京，次年被殺於北京宣武門外的柴市。清軍占南京後，又接連攻克蘇州、杭州、松江、常州等江南大部。1645年（弘光元年）六月，清軍再下剃發令，命令十天之內，清占區漢人壹律模仿滿洲人裝飾剃發易服，“留頭不留發，留發不留頭”，引發了漢族群眾的強烈反抗。江南百姓紛紛起義抗清，其中以嘉定和江陰人民的抗清尤為頑強激烈，先後發生了“嘉定三屠”和“江陰八十壹日”等抗清事件，但都被清軍血腥鎮壓。滿清統治者野蠻貫徹執行剃發易服，期間死難者人數總數逾越百萬，慘烈程度絲毫不遜於近代日本侵華屠殺。
隆武、紹武政權
弘光政權覆滅後，魯王朱以海監國於紹興，唐王朱聿鍵稱帝於福州，是為紹宗，年號隆武。隆武帝是南明時期最有作為的壹位皇帝，勵精圖治，關心百姓疾苦，壹洗前人弊端，基本國策改以“禦虜”為主，但被擁立其繼位的鄭氏集團架空，處處受制於鄭芝龍。1646年（隆武二年）二月，清軍開始征伐福建與浙江。六月，魯王兵敗，漂泊海上。八月，隆武帝與清朝追兵搏鬥時被亂箭射殺於汀州城衙的大堂上（壹說被俘殺）。十壹月初五，隆武帝之弟朱聿鐭稱帝於廣州，是為文宗，改元紹武，僅41天即被清軍俘虜絕食而死。十壹月十五，鄭芝龍不顧鄭成功苦諫，北上福州降清。
永歷政權
隆武帝被害後，桂王朱由榔於當年十月初十監國於肇慶，十壹月十八日正式稱帝，是為昭宗，以次年為永歷元年。永歷政權與已經被擊潰的張獻忠李自成殘部聯合抗清，壹度收復湖南全境；鄭成功堅持在東南沿海地區進行抗清活動，壹度攻克過漳泉二府，並奉永歷為正朔，永歷二年，永歷帝指派寧靖王朱術桂到鄭成功的部隊監國。永歷三年後，清軍大兵壓境，湖南再度淪陷。永歷四年，清軍攻克廣州與桂林。永歷帝被迫退守南寧。永歷五年，孫可望迎永歷帝入貴州安隆所，並進攻四川，壹度收復了四川大部。李定國也進攻廣西，攻克桂林，清定南王孔有德自焚而死，並大戰湖南衡州，斬殺清敬謹親王尼堪，盡復湖南，壹時天下大震。但是，李定國、孫可望兩名將領內部不和。永歷八年，李定國與鄭成功相約會師廣東新會，圖取廣州，未能成功。永歷九年，鄭成功退守廈門金門兩地。永歷十壹年，孫可望降清，西南軍事情報均被孫可望出賣，清兵大規模進攻雲南；此時鄭成功被永歷帝封為延平郡王，同時鄭成功帶領水軍向舟山群島進發。永歷十三年，清軍三路入滇，永歷帝逃往緬甸；此時鄭成功率17萬水陸大軍北伐，進入長江，攻占下瓜洲、鎮江、江浦等地，直抵南京城下，將南京團團圍住，結果中清軍緩兵之計被清軍擊敗，不得不回到閩南大本營。清順治帝趁機派達素集中廣東、福建、浙江三省兵力攻打金廈鄭成功的軍隊。1661年（永歷十五年）2月鄭成功炮斃清順治帝於廈門思明港（壹說死於鄭成功炮火的是順治帝之子承政王，順治帝死於天花或於五臺山出家退出歷史舞臺），達素自殺，清軍敗退；此時清軍入緬，逼迫緬甸政府交出永歷帝。1661年3月鄭成功派兒子鄭經留守金廈，自己攻打被荷蘭占領的臺灣，經過九月苦戰於次年二月復臺。1662年（永歷十六年），永歷帝被降清明將吳三桂絞殺於雲南昆明，南明滅亡。同年，鄭成功病逝於臺灣，李定國病故於猛臘。
明鄭（1662－1683）
永歷帝被害後，全國較大規模抗清活動就只有夔東十三家抗清與鄭成功在臺澎金廈抗清了。李自成余部在湖南抗清失敗後，轉移到川、鄂山區進行活動，在夔州府以東地區繼續抗清，史稱夔東十三家。1662年清軍開始對其進行絞殺，1664年，夔東十三家軍抗清失敗，首領李來亨全家自焚。1662年6月鄭成功病逝後，鄭經從廈門來到臺灣接手經營，仍舊沿用永歷年號，並於次年從福建迎接明朝監國寧靖王朱術桂入臺。1663年滿清與荷蘭聯手進攻金門與廈門，金廈兩島陷，明鄭勢力撤退臺灣，在陳永華的輔政下，撫土民、通商販、興學校、進人才、定制度，境內大治。1673年三藩之亂爆發，鄭經接受靖南王耿精忠請援，率軍西征福建。鄭經收回廈門後，並收漳州、泉州與潮州三府，進而攻下廣東惠州。後來，廣東平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠相繼為清軍所平定，雲南平西王吳三桂亦敗亡，鄭經勢力敗退僅能守住廈門，1680年清將萬正色遣人遊說鄭軍水師副總督朱天貴（原為耿精忠部將）率艦300艘，將士2萬余人降清，鄭經放棄廈門並班師回臺，之後沈迷於酒色。1681年鄭經病歿，遺命鄭克臧嗣位，馮錫範擁立其婿鄭克塽，獨攬大權。清康熙帝以降清明將施瑯為水師提督征討臺灣。1683年（永歷三十七年），施瑯大敗劉國軒攻克澎湖，給臺灣造成極大軍事壓力，結果鄭克塽剃發降清，明朝監國寧靖王朱術桂攜五妃自殺殉國，明朝最後壹股抗清勢力覆滅，中國第二次亡國。