根據以上職責，市水利局設市防汛抗旱指揮部辦公室和7個內設機構：
防汛抗旱指揮部
研究制定全市防汛抗旱和農田水利基本建設的有關政策、制度、規劃、計劃；檢查、指導全市防汛抗旱工作，收集、分析防汛抗旱信息；負責汛期大中型水庫和長江大中型涵閘的調度運用；負責跨縣內河管理；負責水利信息化建設與管理工作；承辦市防汛抗旱指揮部和市農田水利基本建設指揮部的日常工作。內設3個職能科（中心）。
1.綜合科
協助防辦領導綜合協調各科（中心）工作；負責機關內部管理制度建設和主要文件起草工作；負責文秘管理、後勤管理、值班管理、政務公開、政務信息、會議組織、預警發布、宣傳報道等工作；負責防汛機動搶險隊和抗旱服務隊的建設、管理；負責防汛抗旱物資器材管理調度。
2.防汛抗旱調度科
負責擬訂全市防汛抗旱、農田水利基本建設規章制度和規劃；組織編制、審查重要江河湖庫防禦洪水方案和洪水調度方案，負責汛期大中型水庫和長江大中型涵閘的調度運用；編制、審核防汛抗旱應急預案；收集、分析防汛抗旱信息，提出工作意見並負責督促實施；組織指導防汛抗旱應急工程建設和農田水利基本建設，提出應急工程資金和補助經費安排意見。
3.信息中心
負責全市水利信息化工作；負責信息化專業規劃的編制、實施；負責市水利信息化項目的開發、推廣和日常運用管理、維護；指導全市水利系統信息化建設，負責信息化技術培訓與對外交流。
內設機構
1.辦公室
綜合協調機關政務工作；承擔機關文電、會務、機要、檔案、財務等日常運轉工作；負責機關內部制度建設、政務公開、安全保衛、來信來訪、宣傳、計劃生育等工作；負責機關離休人員的服務管理工作，指導直屬單位離退休人員的服務管理工作。
2.基建計劃科
組織編制全市水利發展戰略和中長期規劃；負責全市重點水利工程建設項目計劃的申報、下達和調整工作；負責全市重點水利水電工程建設項目招標投標、開工許可、工程驗收等基本建設程序管理工作；負責基建統計報表和綜合統計報表及統計人員的業務培訓工作；組織實施國家有關水利基本建設的法規、政策及質量標準；指導在建水利工程的質量管理和安全生產工作。
3.水政水資源科 (行政許可科)
負責全市涉水項目的行政許可審批，組織起草有關水利工作規範性文件；監督水法律法規的實施；負責行政復議、行政處罰有關工作；組織、指導水政監察和水行政執法工作；組織協調處理水事糾紛；組織實施水資源取水許可制度、水資源有償使用、水資源論證制度；組織、指導水資源調查、評價和監測工作；組織水功能區劃分並監督實施；指導水量水質監測和入河排汙口設置工作；指導計劃用水、節約用水工作；發布水資源公報。
4.工程技術科
組織編制全市水利規劃、專業規劃和專項規劃；承辦水利基建項目建議書和可行性研究報告的審核工作，按規定承擔水利基建項目初步設計文件審查的有關工作；組織全市涉河項目防洪論證及建設方案的審查工作；指導全市水利建設項目合規性審查工作；組織全市重大水利科學研究、科技推廣和科技交流工作；負責水利行業技術標準、規範的有關管理工作；承擔市水利學會的日常工作。
5.農村水利科
組織、指導全市水庫、大中型水庫灌區的水工程管理；組織、指導市屬花涼亭、麻塘湖水庫灌區工程的管理，負責項目的審查和申報並組織實施；組織、指導農村水利專項規劃的編制和管理；負責全市鄉鎮供水、農村飲水、節水灌溉、水利血防和小型農田水利工程建設與管理的指導工作；指導全市農村水利社會化服務體系建設。
6.財務科
負責全市水利系統貫徹實施有關水利的價格稅收、信貸、財務政策和會計法規；對全市水利資金撥付實施監督；對市局負責進行竣工驗收的項目進行財務審計；組織行政性收費和其他非稅的收繳；指導全市水利系統財務及國有資產的保值增值；指導局直單位財務與會計工作並對收支預算執行情況進行檢查；對局直單位國有資產管理和保值增值實施監管。
7.人事科
負責機關和直屬單位的機構編制、人事管理、考核表彰和教育培訓等工作；指導全市水利行業職工隊伍建設；承擔機關和直屬單位對外事務工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作。
市紀委（監察局）派駐市水利局紀檢組（監察室）按照有關文件規定履行職責。