1、企業應當根據經營情況以及相關稅收規定自行判斷是否符合優惠事項規定的條件，符合條件的可以按照《目錄》列示的時間自行計算減免稅額，並通過填報企業所得稅納稅申報表享受稅收優惠。同時，按照本辦法的規定歸集和留存相關資料備查。
2、留存備查資料是指與企業享受優惠事項有關的合同、協議、憑證、證書、文件、賬冊、說明等資料。留存備查資料分為主要留存備查資料和其他留存備查資料兩類。主要留存備查資料由企業按照《目錄》列示的資料清單準備，其他留存備查資料由企業根據享受優惠事項情況自行補充準備。
3、企業享受優惠事項的，應當在完成年度匯算清繳後，將留存備查資料歸集齊全並整理完成，以備稅務機關核查。
4、企業同時享受多項優惠事項或者享受的優惠事項按照規定分項目進行核算的，應當按照優惠事項或者項目分別歸集留存備查資料。如果妳公司在認定軟件企業時是將總機構和分支機構的指標合在壹起認定的，分支機構就可以享受兩免三減半的優惠政策。減半征收時的征收率為12.5%。
三免三減半是指符合條件的企業從取得經營收入的第壹年至第三年可免交企業所得稅，第四年至第六年減半征收。除國家重點公***設施項目，從事節能環保、沼氣綜合利用、海水淡化等行業的企業也能享受到上述“三免三減半”的優惠。2007年11月28日審核的《中華人民***和國企業所得稅法實施條例（草案）》中規定，政府將國家重點公***設施項目實行“三免三減半”的稅收優惠，而早前的實施細則壹直是“兩免三減半”。