由於同時在兩個不同單位領取工資，需要由兩個單位分別按照規定預扣預繳個人所得稅。
因為根據《個人所得稅法實施條例》的規定，居民個人取得工資、薪金所得時，可以向扣繳義務人提供專項附加扣除有關信息，由扣繳義務人扣繳稅款時減除專項附加扣除。納稅人同時從兩處以上取得工資、薪金所得，並由扣繳義務人減除專項附加扣除的，對同壹專項附加扣除項目，在壹個納稅年度內只能選擇從壹處取得的所得中減除。
居民個人從兩處以上取得工資薪金所得，對於每個支付所得的單位或個人，需要按照《個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）》的規定，各自按照累計預扣法預扣預繳個人所得稅。
但是，對同壹專項附加扣除項目，在壹個納稅年度內只能選擇從壹處取得的工資薪金所得中扣除。妳應當向其中壹個單位說明不要扣除相應的專項附加扣除。
至於每月減除費用五千元，由於沒有明確規定，所以，可以由兩個單位在預扣預繳個人所得稅時，都減除5000元的減除費用，年終通過匯算清繳來多退少補。這種情況，由於每月實際多減除5000元，年終匯算清繳，肯定需要補繳稅款。
當然，妳也可以選擇在壹個單位享受5000元的減除費用，並告知另外壹個單位不要減除費用5000元，那麽，另外壹個單位在為妳申報個人所得稅時，可以從員工“任職受雇從業信息”中“是否扣除減除費用”欄次選擇“否”，這樣，在該單位預扣預繳妳的個人所得稅時，就不減除費用5000元了。
當然，有些省市明確規定，對於從兩個以上單位取得工資薪金所得，在壹個納稅年度內只允許在其中壹個單位減除費用5000元，遵守其規定就好了。
要註意的是：只要按照規定預扣預繳了個人所得稅，年度綜合所得不超12萬元或者匯算補稅金額不超過400元的，可免於辦理個人所得稅匯算清繳，即上述情況下需要補繳的稅款，就不用補繳了。
另外，還要註意的是：根據《關於進壹步簡便優化部分納稅人個人所得稅預扣預繳方法的公告》，對上壹完整納稅年度內每月均在同壹單位預扣預繳工資、薪金所得個人所得稅且全年工資、薪金收入不超過6萬元的居民個人，扣繳義務人在預扣預繳本年度工資、薪金所得個人所得稅時，累計減除費用自1月份起直接按照全年6萬元計算扣除。
即，在納稅人累計收入不超過6萬元的月份，暫不預扣預繳個人所得稅；在其累計收入超過6萬元的當月及年內後續月份，再預扣預繳個人所得稅。
扣繳義務人應當按規定辦理全員全額扣繳申報，並在《個人所得稅扣繳申報表》相應納稅人的備註欄註明“上年各月均有申報且全年收入不超過6萬元”字樣。