（壹）內設機構
1.辦公室
擬訂本系統年度工作計劃及有關工作制度；起草、審核重要文稿；負責機關文電、信息、秘書事務、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼、翻譯、印信管理和辦公自動化管理等工作；負責系統安全穩定及保衛工作；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布、政府信息公開等對外的公***關系處理工作;負責系統目標管理考核工作；承辦網站管理和業務更新維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項，管理機關和系統外事工作。
2.政策法規處
組織落實綜合性稅收政策；承擔機關有關規範性文件、合同、協議的合法性審核工作；承辦局外綜合性稅收政策文件會辦工作；承擔重大稅務案件審理工作；辦理行政復議、賠償案件及行政訴訟案件等法律救濟工作；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查，組織落實稅收執法責任制、稅收執法過錯責任追究制，應用稅收執法管理信息系統；承擔稅收執法質量考核工作；督查落實稅收執法檢查結論和各類審計結論；組織實施普法工作。
3.貨物和勞務稅處
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的政策管理工作，擬訂具體實施辦法；對相關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；研究制定相關稅種的稅源管理及納稅評估辦法；承辦分稅種的預警指標監控管理工作；承擔增值稅專用發票和增值稅普通發票的管理工作；指導相關稅種的日常管理、日常檢查；參與相關稅種的稅收分析、稅源管理、納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作；承擔相關稅收業務管理系統的管理應用工作。
4.所得稅處
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等政策管理工作，擬訂具體實施辦法；對相關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；承辦所得稅減免稅、稅前扣除、資產損失等涉稅事項的審批、審核上報；研究制定相關稅種的稅源管理、稅基管理、納稅評估、匯算清繳等辦法；承辦分稅種的預警指標監控管理工作；指導相關稅種的日常管理、日常檢查；參與相關稅種的稅收分析、稅源管理、納稅輔導、咨詢服務、稅收法律政策救濟工作。組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；承擔相關稅收業務管理系統的管理應用工作。
5.收入核算處
牽頭編制並分配下達年度稅收計劃；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算工作；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作及後續稅源管理工作；承擔稅收票證的管理工作。
6.納稅服務處
組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務等工作；受理納稅人投訴，指導稅收爭議的調解；承擔稅法援助服務工作；管理納稅人使用的表格文書，編制納稅服務指南；組織實施稅收信用體系建設；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；承擔稅務網站納稅服務欄目、短信系統的業務運行管理應用工作。
7.征收管理處(與信息中心合署辦公)
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法；牽頭組織落實稅收管理員制度，牽頭組織開展稅源管理、納稅評估、日常檢查工作；組織實施稅收征管數據管理辦法，承辦征管質量考核、風險管理和影響稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅控器具（除防偽稅控系統）推廣應用等工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管工作；承擔普通發票的管理工作；管理稅務機關內部所用的表證單書；組織落實納稅人征管檔案管理；組織落實稅收管理信息化建設規劃、方案、制度；組織實施本系統信息技術體系建設和監督、驗收；承擔稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等方面的管理工作；承擔稅收管理信息化制度建設和監督檢查；承擔協調相關稅收各業務管理系統的運行管理工作。
8.財務管理處
擬訂並組織實施財務管理、基本建設管理等辦法；審核匯編部門預算、決算；組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核征稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔本系統基本建設管理、預算管理、資產管理、政府采購、服裝管理工作；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品采購等項審計和領導幹部經濟責任審計工作；管理機關財務工作。
9.大企業和國際稅務管理處
組織對大型企業的個性化服務、管理工作；貫徹上級對大企業稅收工作的安排落實；指導、協調、檢查有關稅收法律、法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的執行；組織落實非居民企業所得稅征管制度；處理國家（地區）間的有關稅務事項；牽頭組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；組織實施反避稅工作和稅務審計；管理機關和系統的外事工作；承擔相關稅收業務管理系統的運行管理工作。
10.人事處
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務、計劃生育管理等工作；承擔下壹級領導班子及領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督工作；監督檢查本系統執行幹部人事規章制度情況；承擔機關目標管理考核工作；組織開展巡視工作。
11.教育處
擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育管理制度、工作規劃、年度計劃；承辦教育培訓項目的開發與管理；組織開展培訓質量考核與評估；承擔教育培訓經費管理；指導、檢查本系統教育培訓工作；承擔系統師資管理工作。
12.監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查下壹級領導班子及其成員貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本系統工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察工作。
13.進出口稅收管理處
組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；編制、上報出口貨物退稅和出口貨物免抵調庫計劃；承擔出口貨物退（免）稅的審核、審批及相關手續的辦理工作；研究制定進出口稅收納稅評估及稅源管理辦法，發布進出口稅收預警指標；組織進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合有關部門開展反騙稅工作；參與進出口稅收的稅收分析、稅源管理、納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
機關黨委辦公室（思想政治工作辦公室、系統工會工作委員會） 負責機關和直屬單位的黨建、工會、青年、婦女工作；組織實施機關及系統思想政治工作、精神文明建設、稅務文化建設。制定系統工會工作規劃；組織開展系統工會工作；組織開展群眾性文化體育活動。
離退休幹部處 承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統離退休幹部工作。
（二）直屬機構
稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬定具體實施辦法；組織、協調、督辦稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件的舉報；承辦稅收違法案件的立案、查處、審理和執行；對重大稅收違法案件調查後提出初審意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；組織實施金稅工程發票協查工作；指導、協調系統稅務稽查工作。
其機構設置、職責分工與級別按照《自治區國家稅務局關於烏魯木齊市國家稅務局規範稽查機構設置明確職責分工的批復》（新國稅發〔2008〕145號）執行。
（三）事業單位
1.信息中心(與征收管理處合署辦公)
承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障工作；承擔稅收各應用系統的技術運行管理工作；組織系統技術基礎設施建設管理與運維；參與擬訂稅收管理信息化建設規劃和實施方案，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；組織本系統信息安全管理與實施。
2.機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承擔機關辦公用品的采購、保管、分配、維修；負責機關資產管理工作；參與機關後勤體制改革工作；負責局機關安全穩定及保衛工作；指導本系統後勤服務工作 。