根據上述職責，市國土資源局設10個職能科（室）和紀檢監察室：
（壹）辦公室
組織協調局機關日常工作，負責有關文件的起草、重要會議的組織、文電處理、秘書事務、信息綜合、新聞宣傳、檔案、信訪、保密、保衛、接待及資產管理等工作。
（二）人事教育科技科
承辦局機關、局直屬單位的機構編制、人事管理事項；按規定和程序，負責縣（市）國土資源主管部門正、副科級領導幹部的考核、任免及管理的具體工作。負責縣（市）國土資源局中層幹部任免的備案管理；負責編制職工培訓規劃，組織職工培訓，負責本系統職稱管理；編制國土資源科技工作規劃，組織綜合調查、科技攻關和關鍵技術研究；組織科技成果的評審和推薦工作；對科技項目實施情況進行監督檢查，推進科技進步，推廣科技成果。
（三）政策法規和執法監察科
負責承辦與國土資源有關的規範性文件的起草、修改和審核工作；組織協調局內有關法律法規的宣傳教育；辦理有關聽證、行政復議、應訴等事宜；調研和起草我市有關土地資源、礦產資源的綜合性政策建議；組織開展對執行和遵守國家土地資源、礦產資源法律法規情況進行監督檢查；草擬我市土地、礦產執法監督和違法案件查處的規定；受理群眾對土地、礦產違法行為的舉報；組織開展對土地、礦產規劃執行情況以及土地征收、征用、農地轉用、土地資產處置、建設用地供應、土地、礦產資源市場、國土資源開發、利用與保護、土地、礦產資源的登記發證的監督檢查，依法組織查處縣（市）人民政府及其國土資源主管部門違反土地、礦產法律法規行為和重大違法案件；領導本級國土資源執法監察隊伍，領導縣（市）國土資源執法監察隊伍的業務工作。
（四）規劃和耕地保護科
組織研究全市和重點地區國土綜合開發整治的政策措施，編制和實施全市性及區域性的國土規劃、土地利用總體規劃、礦產資源總體規劃、地質環境等專項規劃；參與編制地質勘查規劃；負責土地利用計劃的編制和管理；指導和審核基本農田保護規劃、土地復墾規劃、土地整理規劃、未利用土地開發規劃等專項規劃和鎮土地利用總體規劃，負責建設項目用地預審和國土資源綜合統計；依法審批臨時用地；參與報市人民政府或自治區人民政府審批的城市總體規劃的審核工作；參與起草我市農地轉用、土地征收和征用管理辦法；承辦需報自治區人民政府和市人民政府批準的各類建設項目農用地轉用和土地征收、征用報批工作；協調大中型建設項目的征地事宜；檢查各類建設項目用地審批後實施情況；執行國家有關耕地保護法律、法規和政策；起草我市耕地保護和土地開發整理有關政策；負責耕地保護和耕地總量動態平衡管理；擬訂並組織實施基本農田保護的有關規定和技術方案；審查耕地占補平衡方案；組織耕地後備資源開發；提出土地開發整理計劃，會同有關部門組織對土地開發整理項目的立項驗收確認。
（五）計劃財務科
執行國家和自治區有關財政方針政策和財務會計制度，擬訂我市有關國土資源的財務會計管理制度，監督管理直屬單位的財務會計國有資產；承擔國家和地方財政撥給的耕地開墾費、土地變更調查費、地勘費等專項經費和其他資金的財務管理工作，組織編制經費預算和決算；負責國土資源局的各項行政事業性收費的征收與管理，監督檢查下級國土資源主管部門的有關收費；對土地有償使用費、探礦權、采礦權使用費、價款，礦產資源補償費等的征收和使用進行監督。
實施土地、礦產綜合統計制度，配合有關部門擬訂土地收費政策並組織實施；編制全市國土資源管理綜合統計報表並組織監督檢查；負責本局機關業務經費、人員經費和預算外資金、各專項經費的管理，監督檢查國土資源系統預算外資金的合理使用；協助稅務部門做好土地稅費的征管工作；會同有關科室草擬局機關的基本建設計劃、財物、財務管理等有關制度；負責全市國土資源各類統計匯總上報和財務決算上報工作，檢查指導國土資源系統的各類統計、財務等業務管理工作。
（六）地籍管理科
統壹管理城鄉地籍和地政工作，組織制訂全市地籍工作計劃及土地權屬管理辦法以及地籍管理辦法；依據土地調查動態監測、地籍調查和統計的技術規範、標準，組織土地資源現狀調查、動態監測、地籍權屬調查、變更調查及統計；草擬土地確權、土地調查、登記發證等技術細則和權屬糾紛調處規則以及權屬管理辦法，參與土地確權、發證和土地利用現狀數據庫、城鎮地籍調查系統建設，調處土地權屬糾紛；負責全市的登記發證工作。
（七）土地利用管理科
執行國家的供地政策，負責我市土地使用權出讓、租賃、作價出資、轉讓、抵押、交易、政府收購、儲備、全市建設用地供地管理工作和鄉（鎮）、村用地管理工作和具體業務工作，指導農村集體非農土地使用權流轉管理。負責土地市場動態監測並提出市場調控措施，指導土地分等定級和基準地價、標定地價評測，執行國家土地估價行業技術規定，負責對土地估價行業自律組織和土地，負責土地資產和土地市場管理。
（八）礦產開發管理科
依法負責采礦權審批登記發證和采礦權變更、註銷、轉讓、延續審批登記工作；負責采礦權招標、拍賣、掛牌等有償出讓；監督管理采礦權市場；依法調處采礦權、地質勘查、爭議、糾紛；依法進行礦產資源開發利用與保護和監督管理，組織對礦山“三率”（開采回采率、貧化率、選礦回收率）進行考核與監督，組織礦山年度檢查和礦產資源開發統計工作；負責采礦權使用費、價款的征收、使用審批管理；依法管理礦產資源補償費的征收、使用；負責對地質勘查活動進行監督管理；負責礦產儲量的認定和登記、統計；依法承擔礦產資源儲量管理和地質資源匯交管理工作；依法對轄區內黃金礦山開采，產品銷售等進行監督管理；審查建設工程項目壓覆重要礦床事宜。依法負責探礦權審批登記發證和延續、變更、保留、註銷、轉讓等審批登記的審核；負責探礦權的轉讓、招標、拍賣等礦業權市場的監督管理；審核對外合作勘查區塊；負責探礦權的監督管理；負責國家出資勘查形成的探礦權價款評估結果的備案管理；負責探礦權信息系統管理。協助有關部門對環境保護和礦山安全生產進行監督及事故處理；組織礦產資源供需形勢分析；為礦山企業提供信息、技術服務。
（九）地質環境科
組織實施國家和自治區地質遺跡等地質資源和地質災害管理辦法；組織編制和實施地質災害防治和地質遺跡保護規劃並對執行情況進行監督檢查；組織重大地質災害防治；指導地質災害和地下動態監測、評價和預報；組織地質遺跡保護和地質災害防治；負責地質環境的監督管理；負責地熱、礦泉水管理；對地質災害危險性評估結果實行備案管理；對從事地質災害危險性評估的單位和承擔專項地質災害治理工程勘查、設計、施工和監理的單位實行資質管理。
（十）測繪管理科
負責全市測繪工作的統壹監督管理；會同市政府其他有關部門根據上級基礎測繪規劃組織編制全市基礎測繪規劃、地籍測繪規劃；組織全市基礎測繪、地籍測繪和重大測繪項目的實施，制訂項目設計方案；負責全市測繪市場管理，依法監督測繪項目的招、投標；負責全市基礎測繪成果的管理和保密工作；依法審批向第三方提供匯交的測繪成果；對復制、轉讓或者轉借測繪成果依法審批；負責本行政區域內國家測量標誌的保護工作，依法對使用永久性測量標誌進行監督；根據上級測繪行政主管部門的委托，做好資質證書、測繪作業證的監督管理工作；做好全市測繪成果匯交和目錄編制發布工作；依法查處測繪違法案件。
紀檢監察室
檢查、監督國土資源系統工作人員貫徹執行國家政策和法律、法規的情況；負責黨內紀律檢查及違紀查處工作；負責行政監察工作；參與行風評議，監督、檢查、處理違反國家政策和法律、法規以及違反政紀行為，接受單位或個人對違法違紀案件的投訴、檢舉、控告和申訴；負責內部審計工作；負責局機關和直屬單位黨的建設、思想政治工作，精神文明建設和群團工作。