《營業稅改征增值稅試點實施辦法》（財稅〔2016〕36號附件1）規定，壹般納稅人從事交通服務應按11%的稅率納稅，從事物流輔助服務按6%的稅率納稅。同時，該文件規定：“交通運輸服務，是指利用運輸工具將貨物或者旅客送達目的地，使其空間位置得到轉移的業務活動，包括陸路運輸服務、水路運輸服務、航空運輸服務和管道運輸服務。物流輔助服務包括航空服務、港口碼頭服務、貨運客運場站服務、打撈救助服務、裝卸搬運服務、倉儲服務和收派服務”。有的物流企業，故意混淆收入類別，將交通運輸業務申報為物流輔助服務業務，少繳納增值稅，造成企業的稅負明顯偏低，甚至長期留抵稅款。
2．發票開具錯誤。
《發票管理辦法》第二十二條規定，開具發票應當按照規定的時限、順序和欄目，全部聯次壹次性如實開具，並加蓋發票專用章。《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發〔2006〕156號）第十壹條規定，專用發票開具應項目齊全，與實際交易相符。但有的物流企業利用客戶多是零星貨物運輸，金額不大，不會較真的心理，或是利用客戶對稅法不了解，以為零星貨物運輸就是物流輔助服務，未按規定開具發票，將“運輸服務”項目開具為“物流輔助服務”項目，造成虛開發票風險。
3．收入核算不準確。
《營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》（財稅〔2016〕36號附件2）規定，壹般納稅人的收派服務可以選擇適用簡易計稅方法計稅。因此，物流企業需要將簡易計稅項目與壹般計稅項目分開核算，分別核算適用不同稅率或者征收率的銷售額；未分別核算的，從高適用稅率。但是，有的物流企業未分別核算不同業務營業額，而是將收取的包括快遞費、運費在內全部或大部分，作為收派服務申報納稅。
4．隱瞞銷售服務。
壹般而言，快遞費由收件費、運輸費和送件費等組成，快遞費則是壹次性收取，需要快遞總公司與加盟商結算收派費用。由於加盟商納稅人的身份問題，壹般納稅人采用簡易計稅辦法計稅，導致部分快遞企業難以獲得增值稅專用發票抵扣或者獲得的增值稅專用發票抵扣不足，於是，壹些納稅人幹脆采取隱瞞銷售服務，與加盟商結算時實行賬外結算。
5．進項稅額核算不完善。
物流企業既有簡易計稅方法業務，又有壹般計稅方法業務。《營業稅改征增值稅試點實施辦法》（財稅〔2016〕36號附件1）第二十七條規定，用於簡易計稅方法計稅項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。但是，有的物流企業未將進項稅額合理劃分，存在多抵扣進項稅額的風險。