優點
發行電子發票將大幅節省企業在發票上的成本，節約發票印制成本，而且不包括企業發票管理間接成本。而且電子發票系統可以與企業內部的ERP、CRM、SCS等系統相結合，發票資料全面電子化並集中處理，有助於企業本身的賬務處理，並能及時給企業經營者提供決策支持。 [14]
電子發票在保管、查詢、調閱時更加方便，也便於電子商務網站為消費者提供更加方便的服務。而且可以減少紙質發票的資源浪費現象，將減少森林的砍伐，更加的環保，符合未來人類的發展。 [15]
網絡發票的推出是國家規範電子商務納稅的必然方式，這有利於國家對網絡交易的監管，也有利於維護消費者的合法權益。 [3]
缺點
電子發票的普及實施，對網購市場壹直賴以生存的價格優勢將帶來嚴重的考驗，不少商家會把電子發票的成本施加到消費者身上，而最終導致產品的價格走高。壹些正規的電商都可以開具紙質發票，如京東商城、當當網、天貓商城等等，雖然這些產品的價格相較淘寶平臺價格稍微高出壹點，但是給消費者壹種規範感，也更加的安心。而淘寶平臺是以C2C(個人對個人)的模式，因為C2C商家大多數都未在工商部門註冊，所以在開具發票方面就存在障礙。但是也因為如此，C2C的方式比B2C方式少了很大壹部分稅收的成本，產品的價格自然就更加低廉。 [11]
在電子發票普及開後，C2C的普通商家將不能再“幸免”，對網購物美價廉的優勢帶來打擊。這也使得大家對於電子發票的普及雖支持但又猶豫不決，所以政府發布之後過了幾個月才有商家正式著手實施。 [3]
盡管國家已經明確了電子發票的法律效力、基本用途等都與紙質發票相同，電子發票同樣可以報銷入賬，但北青報記者在采訪中發現，很多企業財務人員對於電子發票都是感到頭疼。 [16]
“由於是消費者自行打印，所以在紙質、打印效果上都會有所差異，這就相當於把原來發票的物理防偽性能都取消了，鑒別真偽的責任全都推給了財務人員，這個責任確實太大了！”有企業財務人員表示，他們通常會建議員工盡量選擇開普通發票的商家消費，但越來越多商家只提供電子發票，給不給報銷這些發票往往會在員工與財務人員間產生分歧。 [16]
另外，電子發票可以重復打印的特性也使如何防範重復報銷成為企業財務人員面臨的問題。有企業的財務人員就專門做過試驗，同壹張電子發票在復印後和原發票幾乎壹模壹樣，如果用來重復報銷，財務人員根本無法識別。對此，多數財務人員能采取的方法只能是把報銷過的每張電子發票編號記下來，每次報銷時都要查詢壹遍這張發票是否已經報銷過，這無疑增加了工作壓力。