在營改增政策中，物流企業屬於“物流輔助服務”範圍。年所得(不含稅)500萬元以上的壹般納稅人為增值稅納稅人，適用6%的增值稅稅率。年收入500萬元以下的為小規模納稅人。
物流公司是壹般納稅人，如果從商業企業(壹般納稅人)扣除，可以達到6%。
壹般納稅人可以同時開具增值稅專用發票和普通發票。因為是增值稅壹般納稅人，所以無論是增值稅專用發票還是增值稅普通發票，稅率都是壹樣的6%。如果有不同稅率的經營項目，稅率就不壹樣。
比如某物流公司從事物流服務，提供貨物運輸，則貨物運輸和物流服務分別適用不同的稅率:貨物運輸11%，物流輔助6%。必須按照不同的經營範圍分別開具發票，不同稅率的項目必須分別核算。否則，稅務機關將按照就高不就低的原則，對低稅率的服務征稅。
二、企業增值稅的計算方法
1，企業增值稅的計算壹般為:
應納稅所得額=增值稅產值-增值稅進項值
2.交了多少增值稅並不能說明企業有什麽問題，只是反映了商品流通環節數量的規模。企業交多少增值稅，對利潤沒有影響。
原因如下：
增值稅的銷項稅額與進項稅額的差額為應交增值稅。增值稅是價外稅。在會計上，銷項稅和進項稅與成本費用無關，銷項稅的提取和進項稅的抵扣在“應交稅金——應交增值稅”科目核算，與財務費用無關，不在利潤表中反映。增值稅不同於價內稅-營業稅。既然與成本無關，當然也與利潤無關，更不會體現在利潤上。不管交多少，增值稅和利潤無關。至於妳付出多少，並不減少利潤。
3.增值稅項目有哪些？
1，增值稅稅目是指增值稅稅法對應稅對象分類規定的應稅項目。各稅目的具體征稅範圍按照《國家稅務總局關於增值稅稅目註釋的規定》執行。增值稅稅目按產品大類設置，並根據稅收政策需要規定若幹子目和明細。
2.增值稅的稅目主要包括:銷售和進口貨物，提供加工、修理修配勞務。這裏的貨物是指有形動產，包括電、熱、氣等。，不包括房地產。加工是指委托加工貨物，即委托方提供原材料和主要材料，受托方根據委托方的要求制造貨物，收取加工費；修理和修復是指修理損壞和失效的商品並使其恢復原狀和功能的業務。
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