設有辦公室、人事處、老幹部管理辦公室（掛靠人事處）、稅政法規處、征收管理處、財務管理處、進出口稅收管理處、巡視工作辦公室、監察室、機關黨委辦公室***10個處室。
1、辦公室：制定局機關和系統的年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作；負責稅收宣傳工作；制定辦公規章制度，負責本系統的行政督查工作；機關財務的管理工作；指導辦公自動化工作；辦理人大建議、政協提案；協助局領導對有關工作進行綜合協調。
2、政策法規處：進行稅政調查研究；研究稅制改革和完善稅政管理制度的有關問題；擬定稅收綜合業務的規章制度；負責稅收業務的協調和法律事務；對稅收法律、法規的執行情況進行監督檢查；承擔稅收法規文件的清理、鑒定及匯編工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；辦理行政復議、行政訴訟等工作。負責流轉稅的征收管理和稅政業務；貫徹執行流轉稅法律、法規和規章並對執行情況進行監督檢查；調查解決流轉稅政策執行中出現的問題；擬訂有關流轉稅征收管理的具體實施辦法；負責流轉稅的日常稽核和檢查工作。負責企業所得稅、個人所得稅和儲蓄存款利息所得稅的管理和稅政業務；貫徹執行所得稅法律、法規和規章並對執行情況進行監督檢查；調查解決所得稅政策執行中出現的問題；負責擬訂所得稅征收管理的具體實施辦法；負責組織企業所得稅的日常檢查；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作。負責地方各項稅收的管理和稅政業務；貫徹執行地方稅收法律、法規和規章並對執行情況進行監督檢查；擬訂有關地方稅征收管理的具體實施辦法；調查解決地方稅政策執行中出現的問題；負責地方稅政策的日常檢查工作。負責增值稅專用發票和增值稅納稅申報與納稅評估等管理工作；負責增值稅防偽稅控推行管理工作;負責增值稅專用發票和貨運發票、廢舊物資收購憑證、海關完稅憑證、農副產品收購發票等抵扣憑證的認證、稽核、比對等工作。
3、征收管理處：組織實施綜合性稅收法律、法規和規章制度；負責稅收征管工作的指導；研究制定有關稅收管理制度和辦法；普通發票管理有關制度的建設；負責稅務登記、征管質量考核、納稅申報、稅收資料及征管檔案管理的指導；負責組織征管軟件和除增值稅征管以外的稅控器具的推廣和應用工作；代管註冊稅務師、稅務師事務所的管理工作。
4、財務管理處：負責本系統經費、財務、基本建設、裝備和固定資產的管理工作；制定各項管理制度；組織實施內部審計、領導幹部離任審計和政府采購工作。編制、分配稅收計劃，組織並檢查稅款入庫工作；制定稅收計劃和會計、統計工作制度；對稅收數據進行統計和分析；負責稅源資料的調查和測算，監控管理重點稅源；進行稅收能力估算和稅收宏觀分析。
5、進出口稅收管理處：負責進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的審核、年終清算；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣和維護工作；配合有關部門組織實施反騙稅檢查。
6、人事處：研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、專業技術職務等人事管理工作；負責下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查及出國政審工作。負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責學歷教育管理工作；負責稅務培訓機構和教育經費管理工作。
7、離退休幹部管理辦公室（副處級，掛靠人事處）。負責本系統離退休幹部的管理和服務工作；負責本局機關離退休幹部的管理和服務工作。
8、監察室：負責協助區局黨組開展黨風廉政建設和反腐敗工作；負責對本系統稅收執法權和行政管理權進行監督和檢查；按照區局黨組的統壹部署，負責黨風廉政建設和反腐敗工作的組織協調工作；負責對政府采購工作的監督；負責處理群眾來信來訪和查辦案件工作。
9、機關黨委辦公室（正處級）。負責局機關和直屬單位的黨務、工會、青年和婦女工作，負責局機關的思想政治工作、精神文明建設和計劃生育等工作。
10、巡視工作辦公室：負責巡視工作的綜合協調、政策研究、制度建設、文件起草、巡視組人員管理、後勤保障；研究、組織、協調全區的巡視工作；承辦總局巡視辦、區局黨組和紀檢組交辦的其他事項。 設立2個直屬機構，級別為正處級。
1、稽查局：負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對年度計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理和執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；對下級稅收檢查情況進行復查、復審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
2、直屬稅務分局：負責中央駐西藏及自治區級的企業、事業單位、社會團體的各項稅收管理工作；負責中央駐西藏及自治區級的企業、事業單位、社會團體與區內外企業***同組建的聯營企業、股份制企業的各項稅收管理工作；負責西藏自治區駐區外企業的企業所得稅征收管理工作；負責上市股份公司的各項稅收管理工作；負責在西藏設立的外商投資企業、外國企業和外籍人員的各項稅收管理工作；負責西藏自治區國家稅務局指定管轄企業的各項稅收管理工作。 設置4個事業單位，級別為正處級。
1、信息中心：組織信息系統建設，執行信息系統管理制度和技術標準，建立、管理和維護計算機網絡與綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控器具的應用及技術培訓工作；負責拉薩市區辦稅服務廳的管理、稅款征收和會統工作；按計劃落實各項專項經費的使用。
2、機關服務中心：擬定後勤服務的規章制度及管理辦法並組織實施；負責局機關後勤服務的組織管理工作；負責局機關的安全保衛工作；負責區局基本建設和國有資產的管理工作；負責局機關辦公物品的采購、保管和分配工作；負責接待工作和各類工作會議的後勤服務工作；負責職工醫療保險工作。
3、票證中心：負責本系統稅務登記證、各類發票、稅收票證和會計憑證、帳表等的印制、保管、發放和財務管理工作。
4、稅收科學研究所：組織、指導、協調全系統的稅收科研工作；完成上級下達的調研課題和任務；跟蹤經濟和稅收形勢發展變化，及時為領導決策提供科學依據；組織有關稅收科研成果的評選和獎勵；承擔稅務學會秘書處的日常工作。 下屬設有拉薩市國家稅務局，日喀則地區國家稅務局，山南地區國家稅務局，林芝地區國家稅務局，昌都地區國家稅務局，那曲地區國家稅務局，阿裏地區國家稅務局等七個全職能局；壹個派出機構：拉薩經濟技術開發區國家稅務局（正縣級職能局）。