1.符合稅法規定的運輸費用可以從進項稅額中扣除。
根據財政部、海關總署關於深化增值稅改革的公告(財政部、國家稅務總局海關總署公告2019號，以下簡稱39號公告)，自2019年4月至1年4月，允許納稅人從銷項稅額中抵扣進項稅額。
考慮到國內客運服務提供車票、船票、機票等。多數情況下，代替增值稅專用發票，39號公告還補充規定，未取得增值稅專用發票的納稅人，暫按以下規定確定進項稅額:
(1)取得增值稅電子普通發票的，為發票上註明的稅額；
(二)取得附有旅客身份信息的航空運輸電子客票旅行行程單的，按照以下公式計算進項稅額:
航空客運進項稅=(票價+燃油附加費)÷(1+9%)×9%
(3)有旅客身份信息的鐵路客票，按以下公式計算的進項稅額:
鐵路客運進項稅=面值÷(1+9%)×9%
(四)取得其他有旅客身份信息的公路、水路等客票的，按照以下公式計算進項稅額:
公路、水路等其他旅客運輸進項稅額=面值÷(1+3%)×3%。
2.需要註意的是，國內客運服務不能抵扣進項稅。
不是所有國內旅客運輸服務中的差旅費都可以抵扣進項稅額。《中華人民共和國國家稅務總局關於國內旅客運輸服務進項稅額抵扣等增值稅征收管理問題的公告》(中華人民共和國國家稅務總局公告2019第31號，以下簡稱31號公告)第壹條做出了限制性規定:
(1)員工範圍的限制
公告編號31規定《財政部海關總署關於深化增值稅改革的公告》(財政部海關總署公告第39號，第2019號)第六條所稱“國內旅客運輸服務”，僅限於與本單位簽訂勞動合同的從業人員，以及以本單位派遣的從業人員為用人單位發生的國內旅客運輸服務。
3.上壹款的意思是，企業報銷的其他單位職工差旅費，不能從進項稅額中抵扣。
(2)對計費信息要求的限制
公告編號31規定，納稅人購買國內客運服務的，取得的增值稅電子普通發票上註明的稅額為進項稅額，增值稅電子普通發票上註明的買方名稱、納稅人識別號等信息應當與實際抵扣稅款的納稅人壹致，否則不予抵扣。
國內客運服務，增值稅電子普通發票的開具，壹般出現在包車的情況下。這時候就需要正確開具發票，填寫的信息必須完整無誤。只能填寫企業的信息，不能填寫員工的個人信息。
(3)扣款開始時間的限制
公告編號31規定，允許納稅人抵扣的國內客運服務進項稅額，是指納稅人在2019年4月及以後實際發生並取得合法有效的增值稅抵扣憑證的增值稅金額。以增值稅專用發票或增值稅電子普通發票作為增值稅抵扣憑證的，為19年4月及以後開具的增值稅專用發票或增值稅電子普通發票。
有些單位如果出現差旅費報銷延遲的問題，特別要核對票據上的時間，避免進項稅不應抵扣的情況。