留票是因為金稅工程審計系統發票存根數據與認證系統發票抵扣數據比對，無法完全對應。與認證系統扣款數據對比的存根數據無法在審計系統中長期保留，導致存根數據保留時間如此之長。簡單來說，存根發票是指金稅工程系統中缺少抵扣數據的專用發票。
發票留存的原因有很多。比如納稅人受利益驅使隱藏銷售痕跡，既不記錄進貨，也不記錄銷售。所以進項專用發票不認證不抵扣，造成滯留票。有的受票人暫時不能如期付款，但賣方開了專用發票，做了聲明，但如果發票壹直不給受票人，也會形成滯留票。有的受票人，在取得增值稅專用發票後，根據專業判斷確認無法抵扣進項，且發票在認證系統中沒有認證，導致滯留票。企業中的個人無論能否報銷都要以企業名義開具增值稅專用發票，這也導致了滯留票。由於會計人員交接，部分發票未及時認證，形成滯留票。
以上情況產生的滯留票有哪些稅務風險？如果滯留票數量和金額過大，就有隱性收入、表外業務和偷稅漏稅的嫌疑。金稅三期日益強大的企業稅務信息將更加透明、準確、全面。企業受到更嚴格的監管。《中華人民共和國國家稅務總局關於取消增值稅扣稅憑證認證確認時限的公告》規定，對增值稅壹般納稅人取得2017 10+0日及以後開具的增值稅專用發票，取消認證確認、審核比對、申報抵扣增值稅的時限。納稅人在辦理增值稅納稅申報時，應當通過本省(自治區、直轄市、計劃單列市)增值稅專用發票綜合服務平臺確認使用上述扣稅憑證信息。
當企業有大量滯留票時，容易引起稅務稽查。很多公司都有大量的滯留票，其背後的原因是大量的隱性銷售收入，表外操作，偷稅漏稅。大數據下的企業不要心存僥幸。不管是什麽樣的“避稅”方法，只要違背了商家的真實性和合理性原則，最終都會被揭穿。建議企業壹定要按真實業務進行會計核算和納稅申報，充分利用國家稅收優惠政策節稅，不要使用賬外管理、“小金庫”等違法手段。