由於理解上的不同，個別行政機關在具體實施中往往存在著以下壹些問題：
第壹、個別行政機關往往輕視責令改正。《中華人民***和國行政處罰法》第二十三條規定：“行政機關實施行政處罰時，應當責令當事人改正或者限期改正違法行為。”
但在壹些行政機關制作和下達的文書中缺少責令改正環節，存在重處罰、輕整改傾向。有的即使下達了責令整改意見，對是否整改，整改的成效，也沒有跟蹤和有關反饋的記載。
第二、個別行政機關把責令改正與行政處罰相混淆。《中華人民***和國行政處罰法》第八條規定了行政處罰的種類***有七種，但不包含“責令改正”。
壹些行政機關把“責令改正”列在下達給當事人的行政處罰決定書的處罰種類中，同責令停止生產銷售、沒收違法產品、沒收違法所得和處以罰款等處罰手段並列，顯然是不恰當的。
第三、個別行政機關責令改正的內容不明確。要求當事人責令改正的違法行為應該明確、具體，有針對性。有的行政機關對當事人提出的整改要求就是“責令改正”，缺少改什麽、怎麽改的內容。由於過於簡單化，往往改正的效果不佳，甚至流於形式，起不到責令改正的應有作用。
法律依據
《中華人民***和國行政處罰法》第二十三條 行政機關實施行政處罰時，應當責令當事人改正或者限期改正違法行為。
《國家稅務總局關於發布的公告》(國家稅務總局公告2016年第78號)第十二條：稅務機關應當責令當事人改正或者限期改正違法行為的，除法律、法規、規章另有規定外，責令限期改正的期限壹般不超過三十日。