1.R&D的活動範圍已經擴大。
根據舊政策(國稅發[2008]116號和財稅[2013]70號)的規定，R&D活動僅限於國家發展和改革委員會等部門發布的《當前優先發展的高新技術產業化重點領域指南(2007)》中規定的國家重點支持的高新技術領域的項目的研究和開發。新政策采用反枚舉的方式，即枚舉以外的R&D活動均為可抵扣R&D活動，具體包括:
(1)企業產品(服務)定期升級。
(2)科研成果的直接應用，如直接采用公開的新技術、材料、裝置、產品、服務或知識。
(3)商業化後企業向顧客提供的技術支持活動。
(4)對現有產品、服務、技術、材料或工藝流程的重復或簡單改變。
(5)市場研究、效率研究或管理研究。
(6)作為工業(服務)過程環節或常規質量控制、測試分析和維護。
(7)社會科學、藝術或人文學科的研究。
事實上，在舊政策下，這些活動並不屬於可以抵扣的R&D活動範圍，所以這次反列舉完全擴大了R&D活動的範圍，還增加了創意設計活動:即多媒體軟件、動漫遊戲軟件開發、數字動畫、遊戲設計與制作；建築工程設計(綠色建築評價標準為三星)和景觀工程專項設計；工業設計、多媒體設計、動漫及衍生產品設計、模型設計等。
2.開支範圍擴大了。
在舊政策的基礎上增加了:外聘R&D人員勞務費、試制產品檢驗費、專家咨詢費、高新R&D保險費、R&D成果檢索、分析、評估、評價費、知識產權申請費、註冊費、代理費、差旅費、會議費等。但是，R&D成果的部分原始技術圖書資料費、資料翻譯費、論證、評估、驗收、鑒定費與原件無關。舊政策專門強調了R&D活動，而新政策不再強調“專業化”，但並沒有說可以使用* * *所以不知道這壹點是真的放寬了還是會以國家稅務總局公告的形式重新強調。
3.增加了行業限制
這可能是很多企業不願意看到的。盡管舊政策限制了R&D的活動，但它沒有選擇行業。新政策規定，以下行業的R&D活動不能扣除:
(1)煙草制造業。
(2)住宿餐飲業。
(3)批發和零售。
(4)房地產。
(五)租賃和商務服務。
(6)娛樂業。
(七)中華人民共和國財政部和國家稅務總局規定的其他行業。
傳統上，行業是以國民經濟行業分類與代碼(GB/4754
-2011)為準，但本條不進壹步界定行業。同樣，按照慣例，應該是主營業務為上述行業業務的企業，即主營業務收入占當年企業總收入50%(不含)以上的企業。
4.關於扣除傭金開發的爭議已經解決。
舊政策規定委托方可以加計扣除委托開發的R&D費用，但實際執行中存在諸多爭議，如:
問:可以扣除的R&D費用是否包括委托項目的利潤？根據《企業R&D費用稅前扣除管理辦法》第六條規定，受托方應向委托方提供R&D項目費用明細，否則不得扣除委托開發項目費用，因此企業在申請R&D費用扣除時應提供委托開發項目費用明細，且金額與委托合同壹致，因為委托方支付的金額應包含委托方的利潤。如果費用被全額扣除，則與第4條中規定的R&D費用相同。
答:可以加扣的R&D費用不包括受托方的利潤，應該要求受托方標註這個部門的金額。
有的地方要求按照R&D費用的壹定比例加計扣除(比如濟南是93%)，口徑寬的地區可以允許全額扣除，所以只能根據各地的口徑來執行。新政策最終解決了這壹爭議，明確企業委托境外機構或個人開展R&D活動發生的費用，按照實際發生費用的80%計入委托方R&D費用，不得加計扣除委托境外機構或個人開展R&D活動發生的費用。
5.可以追溯扣除
根據《中華人民共和國國家稅務總局關於企業所得稅應稅所得稅務處理若幹問題的公告》(中華人民共和國國家稅務總局公告第12號)，企業進行專項申報和說明後，允許計算扣除以前年度實際發生的費用，按照稅收規定應當在企業所得稅前扣除，但追溯確認的期限不得超過5年。但R&D費用的加計扣除不屬於實際發生的費用，是否可以加計扣除沒有明確規定。新政策明確規定，2016 1 10月1以後符合R&D費用加計扣除條件且未及時享受稅收優惠的企業，可追溯享受並履行備案手續，追溯期限最長為3年，也是新政策。
6.會計的要求簡化了。
按照老政策的規定，企業必須對研發費用實行專賬管理。新政策規定，企業應當按照國家財務會計制度的要求核算R&D支出；同時，對可按R&D項目抵扣的R&D費用設置輔助賬戶，準確歸集和核算當年可抵扣的R&D費用實際發生額。因此，專項賬戶管理放松為輔助賬戶管理。
7.異議的解決得到了簡化。
根據舊政策規定，主管稅務機關對企業申報的研發項目有異議的，可以要求企業提供地級以上政府科技部門出具的研發項目鑒定意見。根據新政策，稅務機關對企業享受優惠的R&D項目有異議的，可以提請地級以上科技行政部門出具鑒定意見，科技部門應當及時回復意見。承擔省部級以上科研項目的企業，以及往年已經認定的跨年度R&D項目，不需要再進行認定。也就是說，稅務機關對研發項目有異議的，直接交由科技部門出具鑒定意見，而不是要求企業提供科技部門出具的鑒定意見。
8.後續管理得到加強。
新政策規定，稅務機關要加強R&D費用加計扣除優惠政策的後續管理，開展定期檢查，年度檢查覆蓋率不低於20%。