可以二次復函。
國家稅務總局關於發布《出口貨物稅收函調管理辦法》的公告
國家稅務總局公告2010年第11號
第十四條? 對復函類型為“經調查有疑點尚未核查完畢”的，待核查完畢後，必須再次復函，將處理情況及時函告發函機關。復函後發現有與原復函內容不壹致的新情況的，也應及時再次函告發函單位。復函以最後壹次內容為準。
擴展資料根據《出口貨物稅收函調管理辦法》
第十二條
此前規定與本辦法不壹致的,以本辦法為準。《國家稅務總局關於印發〈出口貨物稅收函調規定〉的通知》（國稅發〔1995〕037號）、《國家稅務總局關於嚴格出口退稅審核加強出口貨物稅收函調工作的通知》（國稅明電〔1996〕56號）、
《國家稅務總局關於出口貨物稅收函調問題的補充通知》（國稅函〔1998〕406號）、《國家稅務總局關於嚴格加強廣東省潮汕地區購進出口貨物退（免）稅管理的通知》（國稅函〔2000〕51號）等文件停止執行。
日前，國家稅務總局印發《出口貨物稅收函調辦法》的通知（國稅發[2006]165號）指出，從12月1日開始，稅務機關將按照新的函調管理辦法辦理出口退稅。
退稅部門發現出口貨物貨源存在疑點，經退稅評估分析發現存在異常情況，對供貨企業生產、經營及納稅情況有疑問或者發現認為有需要調查的其他情況的四種情形下，將向出口貨物供貨企業所在地縣級以上稅務機關發函調查，並依據回函情況進行處理。
未收到回函前，對於尚未辦理的退（免）稅款，退稅部門暫不辦理。按照新的規定，回函地稅務機關在收到出口貨物稅收函調後，須派兩人以上到出口供貨企業進行實地調查，核實其生產經營能力和納稅等情況，並在收到來函後1個月內回函。此外，稅務機關對函調涉及的企業特別是多次函調涉及的企業要納入重點監控企業的範圍。
對回函確認存在無生產能力、該批貨物增值稅專用發票為虛開發票、該批貨物中非自產貨物的購進業務不真實等情況的供貨企業，退稅部門不得辦理出口退稅，對已辦理出口退稅的，應將出口退稅款追回。需要立案查處的，退稅部門應及時將有關資料移交稽查部門。
對存在銷售的全部貨物與其生產能力明顯不符，以前有虛開發票行為並正在查處，增值稅進項發票是虛假的並正在查處，欠繳增值稅、消費稅稅款及其他需要進壹步核查情況的供貨企業，退稅部門應作為疑點進壹步調查核實，在調查核實清楚以前暫不辦理出口退稅。