新車掛完牌，車的合格證會留存在車管所保管。
新車掛牌，也就是進行機動車註冊登記時，提交的材料處理：
1、《機動車註冊、轉移、註銷登記/轉入申請表》原件；
2、機動車所有人身份證明復印件；
3、機動車的來歷證明原件或者復印件。其中，全國統壹的機動車銷售發票、《協助執行通知書》和國家機關、企業、事業單位或者社會團體出具的調撥證明應當是原件；
4、車輛購置稅的完稅證明或者免稅憑證副聯原件；
5、機動車交通事故責任強制保險憑證第三聯原件。原件丟失的，收存其他任壹聯復印件並加蓋保險公司印章，或者經登記審核崗簽註“與原件壹致”的其他任壹聯復印件；
6、車船稅納稅或者免稅證明復印件。其中，在機動車交通事故責任強制保險憑證上簽註已納稅信息的，收存機動車交通事故責任強制保險憑證原件；屬於按照《車船稅法》規定予以免征車船稅的，不收存車船稅納稅或者免稅證明；
7、屬於國產機動車的，收存合格證原件。其中，屬於使用底盤改裝機動車的，還應當收存底盤合格證原件；
8、屬於進口機動車或者使用進口汽車底盤改裝的機動車，收存進口憑證原件。其中，掛車、半掛車、輪式專用機械收存進口憑證原件或者復印件。通過全國進口機動車計算機核查系統比對的，收存《全國進口機動車計算機核查系統核對無誤證明書》。
通過發證機關查詢的，收存發證機關出具的鑒定證明或者傳真查詢證明原件；
9、屬於警車的，收存《警車號牌審批表》原件；
10、屬於救護車、消防車、工程救險車的，收存車輛使用性質證明原件；
11、屬於加裝肢體殘疾人操縱輔助裝置的，收存操縱輔助裝置加裝合格證明復印；
12、機動車查驗記錄表原件；
13、法律、行政法規規定應當在機動車登記時提交的其他證明、憑證的原件或者復印件。
擴展資料
車輛合格證使用事項：已完稅車輛重新辦理納稅申報需要使用車輛合格證信息。
依據合格證電子信息辦理車購稅納稅申報的，合格證電子信息不能重復使用。已完稅車輛因異地辦理登記註冊或多繳稅款申請退稅等原因，需使用合格證電子信息重新辦理車購稅納稅申報的，受理納稅人納稅申報的稅務機關可通過車購稅征管系統向稅務總局提交合格證電子信息重復使用申請。
合格證電子信息數據恢復後，稅務機關依據合格證電子信息辦理相關業務。納稅人重新辦理車購稅納稅申報時，因車輛已登記註冊，無法提供車輛合格證原件的，稅務機關可通過掃描原車購稅征管檔案中車輛合格證復印件二維碼，獲取車輛信息。
衡山縣人民政府-機動車註冊登記
豐縣國稅局-國家稅務總局關於在車輛購置稅征收管理工作中應用車輛合格證電子信息有關問題的通知