新疆昌吉國家農業科技園區於2002年經國家科技部批準，是全國第二批國家級農業科技園區試點單位,全國36個國家級農業科技園區之壹，是新疆地方第壹個國家級農業科技園區。 園區地處準噶爾盆地南緣、天山北麓的昌吉市，距新疆首府烏魯木齊市35公裏，距烏魯木齊國際機場18公裏。位於新疆經濟發展最具活力的天山北坡經濟開發帶的前沿，是天山北坡經濟帶和烏昌都市經濟協作圈的核心區，北疆鐵路、烏奎高速公路、312國道穿境而過。這裏民豐物阜，人傑地靈，有著厚重的農業文化積澱。
園區的總體布局分為核心區、示範區、輻射區。核心區以昌吉市為主，示範區以昌吉州為主，輻射區以天山北坡為重點，輻射南北疆各地。總規劃面積49.8萬畝，其中核心區3.6萬畝（集體土地和部分國有土地），示範區46.2萬畝（國有土地）。2004年園區實現國內生產總值4.5億元，完成出口創匯70萬美元。
園區自成立以來，始終按照《農業園區指南》的要求，積極探索，開拓創新。自治區黨委、人民政府高度重視園區的建設與發展，2002年10月下發了《關於昌吉國家農業科技園區建設有關問題的批復》等文件，成立了“新疆昌吉國家農業科技園區建設協調領導小組”和辦公室，領導小組由自治區副主席擔任，昌吉州州長和自治區科技廳廳長任副組長，成員由自治區計委、財政廳、科技廳、農業廳、水利廳、國土資源廳、建設廳、林業局、工商局、地稅局、烏魯木齊高新技術產業開發區以及金融、科研等單位的分管領導組成。園區協調領導小組辦公室由昌吉州分管副州長擔任，自治區科技廳壹名副廳長任辦公室副主任，成員由昌吉市人民政府、昌吉州計委、財政局、科技局、農業局、水利局、國土資源局、建設局、林業局、工商局、地稅局、金融等單位的主管領導組成。2003年3月20日，昌吉州黨委下文成立了昌吉國家農業科技園區管理委員會和黨工委，實行壹套機構，兩塊牌子，正縣級建制。主要行使計劃、財政、外貿、規劃、建設等經濟管理和行政管理權限。2003年4月29日園區管委會正式掛牌成立。園區管委會內設置6個職能部門：辦公室、財政局、產業發展局、招商局、規劃建設環保局、高新農業發展局。工商、稅務、國土資源等實行垂直管理的部門在園區設立了分支機構和派出機構。管委會列事業編制45名，其中領導職數（專職）4名，科級職數12名。