壹、稅務部門的調查
當稅務部門發現企業存在虛開進項發票的嫌疑時，會依法進行調查。調查內容包括企業發票的來源、使用情況、資金流向等，以核實是否存在虛開行為。
二、處罰措施
壹旦確認企業存在虛開進項發票的行為，稅務部門將依據相關法律法規進行處罰。處罰措施包括罰款、補繳稅款、滯納金等，情節嚴重的還可能涉及刑事責任。
三、企業內部整改
除了接受稅務部門的處罰外，企業還需要進行內部整改，防止類似問題再次發生。整改措施包括加強發票管理、完善內部控制、提高員工稅法意識等。
四、配合調查與積極整改
企業在面對稅務部門的調查時，應積極配合，如實提供相關證據和資料。同時，在整改過程中，企業應主動采取措施，積極改正錯誤，以減輕處罰並恢復正常的經營秩序。
綜上所述：
虛開進項發票的處理涉及稅務部門的調查和處罰，以及企業的內部整改。企業應嚴格遵守稅收法律法規，加強發票管理和內部控制，防止虛開行為的發生。在面臨稅務部門調查時，企業應積極配合並提供相關證據，同時主動進行整改，以恢復正常的經營秩序。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第六十三條規定：
納稅人偽造、變造、隱匿、擅自銷毀帳簿、記帳憑證，或者在帳簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報，不繳或者少繳應納稅款，是偷稅。對納稅人偷稅的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
《中華人民***和國刑法》
第二百零五條規定：
虛開增值稅專用發票或者虛開用於騙取出口退稅、抵扣稅款的其他發票的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處二萬元以上二十萬元以下罰金；虛開的稅款數額較大或者有其他嚴重情節的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處五萬元以上五十萬元以下罰金；虛開的稅款數額巨大或者有其他特別嚴重情節的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑，並處五萬元以上五十萬元以下罰金或者沒收財產。