《征管法》第三十二條:納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。但是在實際操作還有壹些特殊的規定需要把握。
壹、延期繳納預繳稅款如何加收滯納金?
《中華人民***和國稅收征收管理法實施細則》(以下簡稱《實施細則》)第四十二條規定:稅務機關應當自收到申請延期繳納稅款報告之日起20日內作出批準或者不予批準的決定;不予批準的，從繳納稅款期限屆滿之日起加收滯納金。國家稅務總局《關於延期申報預繳稅收滯納金問題的批復》(國稅函[2007]753號)明確:預繳稅款之後，按照規定期限辦理稅款結算的，不適用稅收征管法第三十二條關於納稅人未按期繳納稅款而被加收滯納金的規定。當預繳稅額大於應納稅額時，稅務機關結算退稅但不向納稅人計退利息;當預繳稅額小於應納稅額時，稅務機關在納稅人結算補稅時不加收滯納金。這時我們可能會註意到壹個問題:《實施細則》第四十二條規定“不予批準的，從繳納稅款期限屆滿之日起加收滯納金”與《征管法》第三十二條規定“從滯納稅款之日”及《實施細則》第七十五條進壹步補充明確從“稅款繳納期限屆滿次日”起加收滯納金起始時間規定不壹致，剛好相差壹日。筆者認為，應當按《征管法》第三十二條規定執行。
二、未按期預繳稅款是否應加收滯納金?
實踐當中，企業所得稅、土地增值稅等多個稅種都需要預繳，如何適用滯納金稅法沒有明確規定，僅《國家稅務總局關於企業未按期預繳所得稅加收滯納金問題的批復》(國稅函發[1995]593號，以下簡稱國稅函發[1995]593號文)對企業所得稅作了具體規定:根據舊《征管法》第二十條及《企業所得稅暫行條例》第十五條的規定，對納稅人未按規定的繳庫期限預繳所得稅的，應視同滯納行為處理，除責令其限期繳納稅款外，同時按規定加收滯納金。筆者認為，國稅函發[1995]593號文作為規範性文件雖然法律級次較低，但作為國家稅收行政主管部門的國家稅務總局依照稅收管理權限有權對有關預繳稅款的稅務處理問題做出解釋性文件，而且有關具體規定與現行稅收法規特別是與新《征管法》、《企業所得稅法》並不抵觸，其合法性應是不容質疑的。既然企業所得稅適用未按期預繳稅款須加收滯納金的規定，那麽按照稅收公平原則和實質課稅原則，各稅種應同樣適用未按期預繳稅款須加收滯納金的規定。
三、因稅務機關責任造成納稅人少繳稅款是否應加收滯納金?
《征管法》第五十二條規定:“因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在3年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金”。《實施細則》第八十條對什麽是稅務機關的責任作了進壹步明確:“稅收征管法第五十二條所稱稅務機關的責任，是指稅務機關適用稅收法律、行政法規不當或者執法行為違法”。按照《征管法》及其《實施細則》的規定，因稅務機關的責任造成的未繳少繳稅款，稅務機關雖然在3年內可以追征，但是不能加收滯納金。這與納稅人在批準的緩稅期內不加收滯納金不同，批準緩稅是法律許可，在批準的緩稅期內，納稅人沒有繳納稅款並不屬於稅款的滯納;而因稅務機關責任，造成納稅人超過納稅期限少繳稅款，實際上確實存在稅款的滯納，規定不得向納稅人征收滯納金是出於信賴保護原則，體現的是對納稅人權益的保護。
四、應扣未扣稅款是否加收滯納金?
《國家稅務總局關於行政機關應扣未扣個人所得稅問題的批復》(國稅函[2004]1199號)明確:按照《征管法》規定的原則，扣繳義務人應扣未扣稅款，無論適用修訂前還是修訂後的《征管法》，均不得向納稅人或扣繳義務人加收滯納金。因為滯納金是納稅人、扣繳義務人因占用國家稅款所做的補償，扣繳義務人未扣繳稅款則不存在占用的問題，而納稅人在未知的前提下也不應當加收滯納金。同樣，應扣未扣其它稅種也同等適用此理。
五、善意取得虛開專用發票已抵扣稅款追繳時是否加收滯納金?
《國家稅務總局關於納稅人善意取得虛開增值稅專用發票已抵扣稅款加收滯納金問題的批復》(國稅函[2007]1240號)明確，“納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票，如能重新取得合法、有效的專用發票，準許其抵扣進項稅款;如不能重新取得合法、有效的專用發票，不準其抵扣進項稅款或追繳其已抵扣的進項稅款。納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票被依法追繳已抵扣稅款的，不屬於稅收征收管理法第三十二條‘納稅人未按照規定期限繳納稅款’的情形，不適用該條‘稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金’的規定。”
六、節假日是否加收滯納金?
滯納金是與稅款連帶的，如果在確定應納稅款的納稅期限時，遇到了應該順延的節假日，則從順延期滿的次日起加收滯納金，但在稅款滯納期間內遇到節假日，不能從滯納天數中扣除節假日天數。
七、破產清算中稅收滯納金是否可以申報債權及滯納金計算的截止時間?
最高人民法院《關於審理企業破產案件若幹問題的規定》(法釋[2002]23號)第61條規定:人民法院受理破產案件後債務人未支付應付款項的滯納金不屬於破產債權。也就是說欠稅滯納金可以申報破產債權，但是滯納金計算截止日期應為法院受理破產案件的時間，而稅收行政罰款則不屬於可以申報的破產債權，從這角度來看法律也賦予滯納金與稅款相近的地位。
八、查補稅款的滯納金如何計算?
稅務機關對檢查出納稅人以前納稅期內應納未繳納稅款如何征收滯納金，重點應明確起止期限:計算起始時間是按照有關稅種的實體法規定，納稅人應納稅款期限屆滿的次日，這壹起始時間並不因稅務檢查的進行而發生改變，納稅人超過這壹期限沒有納稅，就發生了稅款滯納行為，當然這給稅務檢查工作增加了壹定的工作量;計算截止時間是納稅人實際繳納稅款的當日，而不是至稅務處理決定書送達或者下達之日。
九、滯納金的追繳期限有多長?
《征管法》第五十二條的規定，因納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤，未繳或者少繳稅款的，稅務機關在3年內可以追征稅款、滯納金;有特殊情況的，追征期可以延長到5年。對偷稅、抗稅、騙稅的，稅務機關追征其未繳或者少繳的稅款、滯納金或者所騙取的稅款，不受前款規定期限的限制。《實施細則》進壹步規定:《征管法》第五十二條所稱納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤，是指非主觀故意的計算公式運用錯誤以及明顯的筆誤;《征管法》第五十二條所稱特殊情況，是指納稅人或者扣繳義務人因計算錯誤等失誤，未繳或者少繳、未扣或者少扣、未收或者少收稅款，累計數額在10萬元以上的;征管法第五十二條規定的補繳和追征稅款、滯納金的期限，自納稅人、扣繳義務人應繳未繳或者少繳稅款之日起計算。
十、納稅人拒不繳納滯納金的，是否可以單獨強制執行?
《征管法》第四十條規定“稅務機關在采取強制執行措施時，對納稅人未繳納的滯納金同時強制執行”;國稅發[2003]47號文還進壹步明確:根據征管法第四十條規定“稅務機關在采取強制執行措施時，對納稅人未繳納的滯納金同時強制執行”的立法精神，對納稅人已繳納稅款，但拒不繳納滯納金的，稅務機關可以單獨對納稅人應繳未繳的滯納金采取強制執行措施。