福建水師：由左宗棠奉命成立福建船政後，隨著福建船政制造廠和船政學堂的不斷發展，馬江附近的軍港設施日益健全、船政制造的軍艦和培訓出的海軍人才也漸成規模。
截止到中法戰爭爆發之前，福建船政水師已經成為中國噸位最大的壹支艦隊。由揚武艦管帶、負責水師營務處(艦隊指揮機關)的閩安協副將張成統領，統轄兵船已達26艘。有主力戰艦十數艘，但均為木脅木殼結構，總排水量僅9900噸，載普通火炮47門，官兵1100人。
1884年8月22日，法國東京艦隊突然偷襲停泊在馬尾軍港的福建水師，福建水師被迫倉促應戰，由於裝備老化落後，實力差距巨大，福建水師的火炮對法國艦隊的鐵甲基本沒有威脅，而法國艦隊所配置的重炮，則輕易擊穿福建水師的木肋甲板。
海戰不到半小時，福建水師的11艘戰艦，就有 揚武、濟安、飛雲、福星、福勝、建勝、振威、永保、琛航9艦被擊毀，另有伏波、藝新兩艦自沈，19艘運輸船全部沈沒，水師官兵殉國者七百六十人。結果福建水師大敗，幾乎全軍覆沒，從此再也未能恢復往日氣象。
此後福建水師在缺乏艦艇及經費的窘境下，已難成軍，且艦體嚴重老化，只有“福靖”和“福安”可編入艦隊戰鬥序列，其余艦只只能作為偵察、運輸等輔助艦船使用。
北洋水師：或稱作北洋艦隊、北洋海軍，1888年正式成立。是中國建立的壹支近代化海軍艦隊，同時也是清朝建立的四支近代海軍中實力最強、規模最大的壹支。主要軍艦大小***有25艘，輔助軍艦50艘，運輸船30艘，官兵4000余人。
北洋水師於1888年（光緒十四年）12月17日於山東威海衛的劉公島正式成立，中國政府每年撥出400萬兩白銀給予海軍建設。艦隊實力曾是東亞第壹，世界第九（采用當年《美國海軍年鑒》排名，前八名分別為：英國、法國、沙俄、德國、西班牙、 奧斯曼土耳其、意大利、美國）。後由於種種原因逐漸落後日本。
在1894年-1895年的中日甲午戰爭中全軍覆沒，它標誌著洋務運動的失敗。清政府也因此被迫簽訂了中日《馬關條約》。
南洋水師，又稱南洋海軍，或稱南洋艦隊，職責主要負責江浙壹帶的海防事務，由1875年新升任的兩江總督、南洋大臣沈葆禎受命開始在經營福建船政的同時籌辦南洋海防。
1884年初具規模，至甲午戰爭前，實力僅次於北洋海軍。
1888年，正式成軍。在1909年南北洋海軍合並後，作為獨立艦隊的存在正式消失。