1、第壹步：申領合作社法人營業執照；
2、第二步：辦理合作社公章；
3、第三步：農經辦辦理登記（農業局下屬農經辦）；
4、第四步：申領組織機構統壹代碼證；
5、第五步：申領稅務登記證；
6、第六步：辦理銀行開戶和賬號。
農村合作社有以下好處：
1、合作社銷售成員的產品視同農戶自產自銷；
2、增值稅壹般納稅人從合作社購買產品可以按照13%進行進項稅抵扣；
3、合作社向成員提供農資免征增值稅；
4、合作社與成員簽定的產品銷售合同，免征印花稅；
5、在項目方面，合作社可作為涉農項目主體單位；
6、各地每年都安排壹定數量的財政扶持資金；
7、在金融支持方面，合作社納入信用評價體系之中，給予先評級後授信再用信的辦法解決合作社貸款難問題，可以更容易獲得貸款基金扶持。
法律依據
《中華人民***和國農民專業合作社法》
第十六條 設立農民專業合作社，應當向工商行政管理部門提交下列文件，申請設立登記：
（壹）登記申請書；
（二）全體設立人簽名、蓋章的設立大會紀要；
（三）全體設立人簽名、蓋章的章程；
（四）法定代表人、理事的任職文件及身份證明；
（五）出資成員簽名、蓋章的出資清單；
（六）住所使用證明；
（七）法律、行政法規規定的其他文件。
登記機關應當自受理登記申請之日起二十日內辦理完畢，向符合登記條件的申請者頒發營業執照，登記類型為農民專業合作社。
農民專業合作社法定登記事項變更的，應當申請變更登記。
登記機關應當將農民專業合作社的登記信息通報同級農業等有關部門。
農民專業合作社登記辦法由國務院規定。辦理登記不得收取費用。