中央水利建設基金主要用於關系國民經濟和社會發展全局的大江大河重點工程的維護和建設。地方水利建設基金主要用於城市防洪及中小河流、湖泊的治理、維護和建設。跨流域、跨省(自治區、直轄市)的重大水利建設工程和跨國河流、國界河流我方重點防護工程的治理費用由中央和地方***同負擔。
中央水利建設基金的來源
(壹)從中央有關部門收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應提取水利建設基金的中央政府性基金(收費、附加)項目包括：車輛購置附加費、港口建設費、鐵路建設基金、市話初裝費、郵電附加、中央分成的電力建設基金。
(二)經國務院批準的其他可用於水利建設基金的資金。
地方水利建設基金的來源
(壹)從地方收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應提取水利建設基金的地方政府性基金(收費、附加)項目包括：養路費、公路建設基金、車輛通行費、公路運輸管理費、地方交通及公安部門的駕駛員培訓費、地方分成的電力建設基金、市場管理費、個體工商業管理費、征地管理費、市政設施配套費。
(二)有重點防洪任務的城市要從征收的城市維護建設稅中劃出不少於15%的資金，用於城市防洪建設。具體比例由省、自治區、直轄市人民政府確定。有重點防洪任務的城市包括：北京、天津、沈陽、盤錦、長春、吉林、哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯、鄭州、開封、濟南、合肥、蕪湖、安慶、淮南、蚌埠、上海、南京、武漢、黃石、荊州、南昌、九江、長沙、嶽陽、成都、廣州、南寧、梧州、柳州市，以及省、自治區、直轄市人民政府確定的有重點防洪任務的城市。
(三)經省、自治區、直轄市人民政府批準征收的用於水利工程和防洪設施建設的各項基金(資金、附加、收費)，統壹納入地方水利建設基金。