壹般納稅人跨地區施工預交企業所得稅絕大部分是0.2%，之所以有讓預交2.5%，完全出於地方保護原因。但對於所得稅匯算清繳無影響，只不過是提前多交的問題。總體上不會多交、但也不會少交所得稅。
建築企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，並由項目部向所在地主管稅務機關預繳。
擴展資料壹般納稅人企業所得稅具體征收管理辦法：（國稅發〔2008〕28號）
為加強和規範建築企業所得稅的征收管理
根據《中華人民***和國企業所得稅法》及其實施條例、《中華人民***和國稅收征收管理法》及其實施細則《國家稅務總局關於印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕28號）的規定：
現對跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）經營建築企業所得稅征收管理問題通知如下：
壹、實行總、分機構體制的跨地區經營建築企業應嚴格執行國稅發〔2008〕28號文件規定，按照"統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫"的辦法計算繳納企業所得稅。
二、建築企業跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統壹計算，按照國稅發〔2008〕28號文件規定的辦法計算繳納企業所得稅。
三、各地稅務機關自行制定的與本通知相抵觸的征管文件，壹律停止執行並予以糾正；對按照規定不應就地預繳而征收了企業所得稅的，要及時將稅款返還給企業。未按本通知要求進行糾正的，稅務總局將按照執法責任制的有關規定嚴肅處理。
中國法院網-關於建築企業所得稅征管有關問題的通知?
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