1946年2月，伊通縣轄14個區，172個村，縣政府駐伊通鎮。1948年6月轄14個區，161個村。1955年，各區稱謂取消序號，恢復原地名稱呼；伊通滿族自治縣轄14個區，173個村。1956年初，伊通滿族自治縣轄4個區，1個鎮、61個鄉。1956年轄4個區、1個鎮、25個鄉、9個公社。
1958年，伊通滿族自治縣轄8個公社，134個管理區。1960年，轄1個鎮、8個公社．計134個生產大隊。1966年1月，轄1個鎮、21個公社，計221個生產大隊。1968年2月，增設1個公社，仍為211個生產大隊。1979年6月，伊通鎮設2個街道辦事處。1980年初，轄1個鎮、21個公社，260個生產大隊，1479個生產小隊。
1983年，公社改為鄉，生產大隊改為村，生產小隊改為屯。1988年7月，伊通縣轄8個鎮、14個鄉．234個村委會、31個居委會。1989年8月4日，經吉林省政府批準，撤銷新家滿族鄉，設立新家鄉；12月9日，將東尖山鄉的河北村、頭道鄉的三星村、新家鄉的東新村劃歸伊通鎮管轄。
1995年12月，伊通滿族自治縣轄9個鎮、13個鄉：伊通鎮、營城子鎮、靠山鎮、馬鞍山鎮、大孤山鎮、小孤山鎮、伊丹鎮、景臺鎮、西葦鎮、五壹鄉、新家鄉、愛民鄉、東尖山鄉、三道鄉、黃嶺子鄉、板石廟鄉、地局子鄉、頭道鄉、二道鄉、新興鄉、發展鄉、莫裏青鄉。***有27個居委會、241個村委會。
1998年12月4日，經吉林省政府批準，撤銷二道鄉，設立二道鎮。2000年8月20日，經吉林省政府批準，撤銷頭道鄉、東尖山鄉，將其所轄行政區域劃歸伊通鎮管轄；撤銷發展鄉，將其所轄行政區域劃歸景臺鎮管轄；撤銷地局子鄉，將其所轄行政區域劃歸板石鄉管轄，將板石鄉更名為河源鎮。
2000年，根據第五次人口普查數據，伊通滿族自治縣總人口482134人，其中：伊通鎮102064人、二道鎮18757人、伊丹鎮29631人、馬鞍鎮29809人、景臺鎮36376人、靠山鎮28050人、大孤山鎮29104人、小孤山鎮27915人、營城子鎮23042人、西葦鎮15833人、五壹鄉18364人、愛民鄉13379人、新家鄉16477人、新興鄉16155人、莫裏鄉16655人、黃嶺子鄉17474人、三道鄉20637人、板石鄉22412人。
2002年6月14日，經吉林省政府批準：撤銷五壹鄉、新家鄉，將五壹鄉所轄行政區域和新家鄉的米鬥淺村等劃歸伊通鎮管轄，將新家鄉的向前村、打草村、新宏村、沙古村、後柳村、新家村、新山村劃歸營城子鎮管轄；撤銷愛民鄉，將其所轄行政區域劃歸大孤山鎮管轄；鄉鎮合並後，鎮政府駐地不變。8月9日，經吉林省政府批準：撤銷黃嶺子鄉，設立黃嶺子鎮，所轄行政區域和政府駐地不變。2002年底，伊通滿族自治縣總人口46.4萬人，其中非農業人口近9萬人。轄12個鎮、3個鄉。
2003年底，伊通滿族自治縣轄12鎮，3鄉：伊通鎮、營城子鎮、靠山鎮、大孤山鎮、小孤山鎮、伊丹鎮、馬鞍山鎮、景臺鎮、西葦鎮、二道鎮、河源鎮、黃嶺子鎮、新興鄉、莫裏青鄉、三道鄉。
截至2006年1月，伊通滿族自治縣轄12鎮，3鄉：伊通鎮、營城子鎮、二道鎮、西葦鎮、景臺鎮、河源鎮、伊丹鎮、小孤山鎮、大孤山鎮、馬鞍山鎮、靠山鎮、黃嶺子鎮、莫裏青鄉、三道鄉、新興鄉。***有14個社區（其中城鎮社區5個）、189個行政村。