理論上，稅務局都要求開出增值稅專用發票的壹般納稅人確認對方也是壹般納稅人後，才能開出增值稅專用發票。而對方拿到增值稅專用發票後，即使不能作為進項抵扣，也要進行認證（數據進稅務局系統），然後再從進項稅額中轉出。這樣的話，在銷項發票開出180後，肯定能對比得到進項認證的數據。
但是實際情況中，很多壹般納稅人（購貨方）拿到稅務上規定不能抵扣的發票，不進行認證，而直接把價稅合計全部做入成本費用。因此，目前為止，稅務局基本從進項的數據查找有沒有相同的銷項數據。而反過來，不大會因為壹個公司只有壹兩張發票對不上進項數據（對方沒有認證）而進行特意的調查。當然，對於壹個公司有很多銷項發票都在180後在他們系統內對應不到進項數據，稅務局會懷疑該公司是否在稅務上是否有異常 。
專用發票認證時間延期：
《國家稅務總局關於調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函〔2009〕617號）規定：增值稅壹般納稅人取得2010年1月1日以後開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統壹發票和機動車銷售統壹發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，並在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。 上述通知自2010年1月1日起執行。納稅人取得2009年12月31日以前開具的增值稅扣稅憑證，仍按原規定執行。 因此，納稅人取得2009年12月31日以前開具的增值稅專用發票，應在開具之日起90日內到稅務機關辦理認證；納稅人取得2010年1月1日以後開具的增值稅專用發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證。
認證記帳：必須是當月認證，當月入帳！如果不在當月入賬，次月中上月已認證的進項稅不容許抵扣！
另外，如果發票的確錯過認證期，還是可以入帳的，方法是以價款+進項稅=票面金額（包含稅款）的數額記帳，記入材料或制造費用（成本或費用什麽的），也就是說，票中的進項稅不能再認證抵扣，只能以成本形式入帳！